核心结论：针对摩托车发动车号与登记证书不一致且对方不承认的情况，您可以通过收集证据、明确被告、撰写起诉状、提交法院立案、参与庭审等步骤来维护自己的合法权益。以下是详细解答：

1. 收集证据：

   • 购车合同与发票：首先，您需要收集与购车相关的所有合同和发票，这些文件是证明您购买摩托车事实及交易细节的重要证据。
   • 车辆登记证书与行驶证：确保您手中有摩托车的登记证书和行驶证，并仔细核对上面的信息，特别是车号是否与实际车辆一致。
   • 现场照片或视频：如果可能，拍摄摩托车发动车号与登记证书不一致的现场照片或视频，作为直观证据。
   • 沟通记录：保存与卖家就车号不一致问题进行沟通的所有记录，包括短信、微信、电话录音等，以证明您曾就此问题与卖家交涉。

2. 明确被告：

   • 确定卖家的身份信息，包括姓名、身份证号码、联系方式等，以便在起诉时准确指定被告。
   • 如果卖家是商家或公司，还需要收集其营业执照、注册地址等相关信息。

3. 撰写起诉状：

   • 起诉状应明确列出原告（您自己）和被告（卖家）的基本信息。
   • 详细陈述事实与理由，包括购车过程、发现车号不一致的情况、与卖家的沟通记录等。
   • 提出具体的诉讼请求，如要求卖家更换车辆、赔偿损失或解除合同等。

4. 提交法院立案：

   • 将起诉状及相关证据提交至有管辖权的人民法院进行立案。
   • 缴纳诉讼费用，并等待法院的受理通知。

5. 参与庭审：

   • 在法院安排的庭审日期出庭，参与诉讼过程。
   • 在庭审中，您可以进一步阐述自己的诉求和理由，并出示相关证据来支持自己的主张。
   • 听取被告的答辩和证据，进行质证和辩论。

6. 等待判决与执行：

   • 庭审结束后，法院将根据双方提供的证据和法律规定作出判决。
   • 如果判决支持您的诉求，但卖家拒不履行，您可以向法院申请强制执行。

额外建议：

• 在整个过程中，保持冷静和理性，避免与卖家发生不必要的冲突。
• 如果对法律程序不熟悉，可以考虑寻求法律援助或咨询专业律师（虽然这里我已是您的法律顾问，但实际操作中若遇到复杂情况，仍建议根据具体情况进一步深入咨询），以确保您的权益得到充分保护。
• 保留好所有与案件相关的文件和记录，以备不时之需。