若承包科室通过二维码偷收费被纪委查到，将面临严肃的纪律处分和可能的法律责任，具体处理方式需根据违规行为的性质、情节及后果综合判定。以下从纪律处分、法律责任及后续整改三个维度展开分析：

一、纪律处分层面

1. 违规性质认定
   纪委首先会核查偷收费行为的性质，包括是否构成贪污、受贿、挪用公款等职务违法或职务犯罪。若涉及公职人员（如科室负责人、财务人员等），可能直接适用《中国共产党纪律处分条例》或《中华人民共和国公职人员政务处分法》，根据情节轻重给予警告、记过、记大过、降级、撤职、开除等处分。

2. 情节轻重划分

   • 一般违规：若偷收费金额较小、未造成严重后果，且主动退赔、配合调查，可能从轻处理，给予警告或记过处分。
     
   • 严重违规：若金额较大、存在隐瞒或伪造证据、多次违规等情节，可能面临撤职或开除处分，并移送司法机关。

二、法律责任层面

1. 行政责任
   若偷收费行为违反《价格法》《医疗机构管理条例》等行政法规，卫生健康部门或市场监管部门可对科室或医院作出罚款、没收违法所得、吊销执业许可等行政处罚。

2. 刑事责任

   • 贪污罪：若科室人员利用职务便利，将偷收费款项非法占为己有，数额达到3万元以上，可能构成贪污罪（《刑法》第382条），最高可处无期徒刑。
     
   • 受贿罪：若偷收费行为与外部人员勾结，以权谋私，可能构成受贿罪（《刑法》第385条）。
     
   • 非法经营罪：若科室以营利为目的，未经许可擅自收费，扰乱市场秩序，可能构成非法经营罪（《刑法》第225条）。

三、后续整改与责任追究

1. 内部整改
   医院需立即停止违规行为，清退违规收费款项，完善收费管理制度（如公开收费标准、加强财务审计、启用监管账户等），并对相关责任人进行内部问责。

2. 行业监管措施
   卫生健康部门可能将医院列入“信用不良记录”，在评级、评审、资金拨付等方面予以限制，并通报行业主管部门。

3. 民事赔偿
   若患者因偷收费行为遭受损失（如重复缴费、延误治疗等），可依据《民法典》要求医院承担赔偿损失、赔礼道歉等民事责任。

行动建议

1. 立即自查：若您或所在科室涉及此类问题，应第一时间停止违规行为，清退款项，并主动向纪委或上级部门说明情况，争取从轻处理。
   
2. 配合调查：如实提供账目、合同、二维码记录等证据，避免隐瞒或伪造，否则可能加重处罚。
   
3. 法律咨询：若案件已进入司法程序，建议委托专业律师分析证据链、辩护策略，最大限度维护合法权益。
   

提示：医疗领域收费合规性直接关乎患者权益和行业信誉，建议定期组织法律培训，强化合规意识，避免类似风险。如有具体案件细节，可进一步向我咨询。