针对您提出的“店铺烟草检查第二次被抓有几包假烟怎么办”的问题，首先我要明确的是，销售假烟是违法行为，不仅可能面临行政处罚，还可能触及刑事责任。以下是我根据您的情况给出的具体建议：

1. 立即停止销售假烟：

   • 一旦发现店铺内存在假烟，应立即下架并停止销售，以避免进一步的法律风险和损失。

2. 配合执法部门调查：

   • 当执法部门进行检查时，应积极配合，提供所需的相关资料和信息，不得阻挠或拒绝检查。

3. 了解法律责任：

   • 根据《中华人民共和国烟草专卖法》及相关法律法规，销售假烟可能面临罚款、没收违法所得、吊销烟草专卖零售许可证等行政处罚。
   • 如果情节严重，还可能构成犯罪，需要承担刑事责任。

4. 寻求法律帮助：

   • 如果您面临行政处罚或刑事指控，建议及时咨询专业律师，了解您的法律权益和可能的法律后果。
   • 律师可以为您提供法律咨询、代理申诉、辩护等法律服务。

5. 加强内部管理：

   • 为了避免类似情况再次发生，应加强店铺的内部管理，确保所销售的烟草制品均为正品。
   • 可以建立进货查验制度，对供应商进行资质审核，确保货源的合法性。

6. 积极整改并申请复查：

   • 在接受处罚后，应积极整改，确保不再销售假烟。
   • 整改完成后，可以向执法部门申请复查，以证明店铺已经符合相关法规要求。

综上所述，面对店铺烟草检查第二次被抓有几包假烟的情况，您应立即停止销售假烟，配合执法部门调查，了解法律责任，并寻求专业律师的法律帮助。同时，加强内部管理，积极整改并申请复查，以确保店铺的合法经营。如果您有任何进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，请直接向我咨询。