核心结论：若店里拿到假烟被警告，需根据警告主体和情节严重程度采取不同处理方式，具体如下：

1. 若警告来自市场监管部门（如工商局、烟草专卖局）

   • 立即停止销售：假烟属于违法商品，继续销售可能面临更严厉的处罚（如罚款、吊销许可证）。
     
   • 配合调查：主动提供进货凭证、供应商信息等，证明是否为“不知情”销售。若能证明无主观故意，可能减轻或免除处罚。
     
   • 整改与申诉：根据要求整改（如下架商品、完善进货查验制度），若对警告有异议，可在法定期限内申请行政复议或提起行政诉讼。
     
   • 法律后果：根据《烟草专卖法实施条例》，销售非法生产的烟草制品，可处违法销售总额20%-50%的罚款；情节严重的，可能被责令停业整顿或吊销许可证。

2. 若警告来自消费者或第三方

   • 核实情况：确认对方是否掌握假烟证据（如检测报告），避免因误认引发纠纷。
     
   • 协商解决：若确属假烟，可协商退货、赔偿（如假一赔三，依据《消费者权益保护法》），降低负面影响。
     
   • 防范风险：检查店内其他商品，避免类似问题再次发生，必要时联系供应商追责。

3. 若警告涉及刑事风险（如涉嫌生产、销售伪劣产品罪）

   • 刑事风险点：若销售金额达5万元以上，或假烟足以危害人体健康，可能触犯《刑法》第140条，面临2年以下有期徒刑或拘役，并处或单处销售额50%-2倍罚金。
     
   • 应对建议：立即停止经营，封存涉案商品，主动向公安机关说明情况，争取从轻处理（如自首、立功）。

关键提醒：

• 保留进货合同、付款记录等证据，证明是否尽到合理审查义务。
  
• 定期检查烟草专卖零售许可证有效期，避免因证件问题被认定为非法经营。
  
• 如有疑问，可直接向我咨询具体应对方案，我会结合案件细节提供法律分析。