结论：车顶自行安装行李架行车过程中脱离造成的损失，保险公司是否赔付需分情况讨论，主要取决于保险条款约定、改装是否合法合规以及是否履行了告知义务等因素。具体如下：

1. 若保险条款明确将自行安装行李架导致的损失列为免责范围
   商业车险（尤其是车损险）的保险条款中通常会约定“被保险机动车被转让、改装、加装或改变使用性质等，导致被保险机动车危险程度显著增加，且未及时通知保险人，因危险程度显著增加而发生保险事故的，保险人不负责赔偿”。
   若用户自行安装的行李架属于“加装”行为，且保险条款明确将此类改装导致的损失列为免责事项，同时用户未在改装后及时通知保险公司并办理批改手续（如补充约定、增加保费等），则保险公司有权拒赔。

2. 若保险条款未明确排除此类损失，且改装合法合规
   若保险条款未将自行安装行李架列为免责范围，且用户安装的行李架符合《机动车运行安全技术条件》（GB 7258）等国家标准（如固定牢固、未超出车身尺寸限制等），同时未改变车辆原有性能或用途，则保险公司通常需承担赔偿责任。
   但需注意：若行李架脱离是由于用户安装不当（如未固定牢固）或超载（如行李架承载重量超过设计标准）导致，保险公司可能以“被保险人故意或重大过失”为由拒赔或部分拒赔。

3. 若改装未履行告知义务，但保险公司未尽到提示说明义务
   根据《保险法》第十七条，保险公司对保险合同中的免责条款需以书面或口头形式向投保人明确说明，否则该条款不产生效力。
   若用户未在改装后通知保险公司，但保险公司未能证明其已就免责条款向用户尽到提示说明义务（如未在投保单、保险单或其他凭证上作出足以引起注意的提示，或未对条款内容以书面或口头形式解释），则用户仍可主张保险公司赔付。

建议：

1. 立即联系保险公司报案，并保留现场照片、维修发票等证据；
   
2. 核对保险合同中的免责条款，确认是否明确排除自行安装行李架导致的损失；
   
3. 若保险公司拒赔，可要求其出具书面拒赔通知，并依据《保险法》及合同约定主张权利；
   
4. 未来若需改装车辆，建议提前咨询保险公司是否影响保险责任，并办理批改手续。
   

如有进一步疑问，可直接向我咨询。