结论：医疗机构行为违法时，一般不能仅建议整改而不处罚，但在特定情况下，如违法行为轻微并及时纠正、没有造成危害后果的，可能可以免于处罚或仅建议整改。
详细分析：
一般情况下的处罚原则：
- 根据相关法律法规，医疗机构若存在违法行为，如未按照规定履行告知义务、未按照规定填写病历资料、未按照规定封存保管病历资料等，卫生行政部门通常会依法给予警告、罚款等行政处罚。这些处罚措施旨在维护医疗秩序，保护患者权益，确保医疗安全。
免于处罚或仅建议整改的特定情况：
- 违法行为轻微并及时纠正：如果医疗机构的违法行为情节轻微，且在卫生行政部门发现后能够及时纠正，没有造成危害后果的，根据《行政处罚法》的相关规定，可能可以免于处罚或仅给予警告等轻微处罚，并建议整改。
- 没有造成危害后果：若医疗机构的违法行为虽然存在，但并未对患者造成实际危害或损害，且医疗机构能够积极配合调查，主动采取措施消除影响，卫生行政部门在综合考虑后，也可能决定免于处罚或仅建议整改。
整改与处罚的结合：
- 在实际操作中，卫生行政部门在发现医疗机构存在违法行为时，往往会根据违法行为的性质、情节、后果等因素，综合判断是否给予处罚以及处罚的种类和幅度。同时，为了促使医疗机构改正违法行为，防止类似事件再次发生，卫生行政部门通常会要求医疗机构进行整改，并可能将整改情况作为后续监管和处罚的参考依据。
法律建议：
- 对于医疗机构而言，应严格遵守相关法律法规和规章制度，确保医疗行为的合法性和规范性。一旦发现存在违法行为或潜在风险，应立即采取措施进行纠正和整改，以避免或减轻可能的法律后果。
- 若医疗机构认为自身行为并未违法或存在特殊情况，可以在收到卫生行政部门的处罚决定后，依法申请行政复议或提起行政诉讼，以维护自身合法权益。
总结与进一步思考：
医疗机构行为违法时，一般不能仅建议整改而不处罚。但在特定情况下，如违法行为轻微并及时纠正、没有造成危害后果的，可能可以免于处罚或仅建议整改。这要求医疗机构在日常运营中严格遵守法律法规，加强内部管理，确保医疗行为的合法性和规范性。同时，也提醒患者在遇到医疗纠纷时，应积极维护自身权益，及时寻求法律帮助。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。