公司转账备注佣金是否合法，需结合具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

1. 合法情形：

   • 真实交易背景：如果公司转账备注的“佣金”是基于真实的业务往来，且该佣金支付符合行业惯例、公司内部规定以及相关法律法规（如反不正当竞争法、税法等）的要求，那么这种转账备注是合法的。例如，公司支付给销售代理的佣金，若该代理为公司促成了交易，且佣金比例合理，那么这种支付就是合法的。
   • 税务合规：佣金支付需确保税务合规，包括正确申报和缴纳相关税费。如果公司能够按照税法规定，对佣金支付进行正确的税务处理，如代扣代缴个人所得税等，那么转账备注佣金也是合法的。

2. 非法情形：

   • 虚构交易或逃避税收：如果公司转账备注的“佣金”实际上并非基于真实的业务往来，而是为了虚构交易、转移资金或逃避税收等非法目的，那么这种转账备注就是非法的。例如，公司通过虚构佣金支付来掩盖其他非法支出或收入，或者利用佣金支付来逃避应缴纳的税款。
   • 违反行业规定或法律法规：如果佣金支付违反了行业规定或相关法律法规，如支付给不具有合法资质的中介机构或个人，或者佣金比例超过了法定限额等，那么这种转账备注也是非法的。

法律建议：

• 确保真实交易：公司在转账备注佣金时，应确保该佣金支付是基于真实的业务往来，并保留相关证据以证明交易的合法性。
• 遵守税务规定：公司应按照税法规定，对佣金支付进行正确的税务处理，包括代扣代缴个人所得税等，以避免税务风险。
• 审查行业规定和法律法规：公司在支付佣金前，应审查相关行业规定和法律法规，确保佣金支付符合法定要求，避免违法风险。

可能法律后果：

• 如果公司转账备注佣金被认定为非法，可能面临税务处罚、行政处罚甚至刑事处罚等法律后果。具体后果取决于违法行为的性质、情节以及相关法律法规的规定。

如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询，我会结合你的具体情况提供更详细的解答。