水费扣违约金是否违法，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
合同约定角度：
- 如果用户与供水公司之间签订了供水合同，且合同中明确约定了在水费未按时缴纳的情况下，供水公司有权收取违约金，那么这种约定通常是合法有效的。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。因此，在这种情况下，供水公司按照合同约定收取违约金是合法的。
违约金合理性角度：
- 即使合同中有约定违约金的条款，违约金的数额也应当合理。如果供水公司收取的违约金过高，超出了实际损失的范围，那么用户有权请求法院或仲裁机构予以适当减少。根据《中华人民共和国民法典》第五百八十五条的规定，约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。因此，用户如果认为违约金过高，可以通过法律途径进行维权。
法律法规角度：
- 供水公司收取违约金的行为还应当符合相关法律法规的规定。例如，如果当地有关于水费收取和违约金管理的具体规定，供水公司应当遵守这些规定。如果供水公司的行为违反了相关法律法规，那么用户有权向相关部门投诉或寻求法律帮助。
建议：
- 如果用户对供水公司收取的违约金有异议，首先应当仔细审查供水合同中的相关条款，了解违约金的约定情况。
- 如果认为违约金过高或供水公司的行为违反了相关法律法规，用户可以与供水公司进行协商，寻求解决方案。
- 如果协商无果，用户可以向当地的水务管理部门或消费者权益保护机构投诉，或者通过法律途径进行维权。
可能后果：
- 如果供水公司的行为合法且违约金约定合理，用户可能需要按照合同约定支付违约金。
- 如果供水公司的行为违法或违约金约定过高，用户有权拒绝支付过高的违约金，并通过法律途径维护自己的合法权益。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。