当企业中的自然人股东之一死亡，导致企业难以办理注销登记时，可以按照以下步骤来办理注销手续：
首先，需要明确的是，有权继承人可以代为办理注销登记。这里的“有权继承人”指的是根据相关法律规定，有权继承死亡股东股权或出资权益的人。
办理步骤如下：
确定有权继承人：
- 有权继承人需要依据相关法律（如《继承法》等）来确定，这通常涉及到遗嘱、法定继承顺序等规定。
- 如果存在多个有权继承人，他们之间需要达成一致意见，或者通过法律途径解决继承权争议。
准备相关材料：
- 有权继承人需要准备自己的身份证明，如身份证、户口本等。
- 同时，需要提供有关继承证明材料，如死亡证明、遗嘱（如果有的话）、继承权公证书等。这些材料用于证明有权继承人的身份和继承权。
办理注销登记：
- 有权继承人或其委托的代理人需要前往企业登记机关（如工商局）办理注销登记手续。
- 在办理过程中，需要提交注销申请书、企业法人营业执照、有权继承人的身份证明和继承证明材料等。
- 注销申请书应详细说明注销原因、继承情况等相关信息，并由有权继承人或其代理人签字确认。
遵循法定程序：
- 办理注销登记时，需要遵循《企业注销指引》等相关法律法规的规定，确保注销程序的合法性和有效性。
- 如果企业在注销过程中存在未了结的债务或纠纷，需要先解决这些问题后再进行注销登记。
注意事项：
- 在整个注销过程中，建议咨询专业的法律人士或会计师，以确保注销手续的合法性和顺利进行。
- 如果死亡股东的股权或出资权益存在争议或纠纷，需要先通过法律途径解决这些问题后再进行注销登记。
- 注销登记完成后，企业将不再存在，其法人资格将被注销，因此需要确保所有相关事宜（如债务清偿、员工安置等）都已妥善处理。
综上所述，当企业中的自然人股东之一死亡时，可以由其有权继承人代为办理注销登记手续。在办理过程中，需要准备相关材料、遵循法定程序，并咨询专业人士的意见以确保注销的顺利进行。