保护动物被伤害时，主要涉及的职能部门是林业和草原部门（及农林局），对于水生野生动物则涉及农业农村部门（及渔政部门），同时公安机关、市场监督管理部门和海关部门也可能根据具体情况介入。以下是对这一问题的详细分析：

1. 林业和草原部门（及农林局）：

   • 陆生野生动物保护：这是保护动物被伤害时最主要的职能部门。林业和草原部门负责全国或本行政区域内国家重点保护陆生野生动物、地方重点保护陆生野生动物以及“三有”野生动物的保护工作。如果保护动物（如大熊猫、金丝猴等珍稀陆生动物）受到伤害，该部门将负责调查、处理，并可能追究相关责任人的法律责任。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国野生动物保护法》的相关规定，林业和草原部门有权对非法猎捕、杀害、交易野生动物等行为进行处罚。

2. 农业农村部门（及渔政部门）：

   • 水生野生动物保护：如果保护动物是水生野生动物（如中华鲟、白鳍豚等），则农业农村部门中的渔政部门将负责处理。该部门负责主管全国或本行政区域内水生野生动物的保护工作，包括栖息地保护、增殖放流、执法监管等。
   • 法律依据：同样依据《中华人民共和国野生动物保护法》及相关规定，渔政部门有权对非法捕捞、杀害、交易水生野生动物等行为进行处罚。

3. 公安机关：

   • 打击犯罪：在保护动物被伤害的事件中，如果涉及非法猎捕、杀害、交易等犯罪行为，公安机关将介入调查并追究相关责任人的刑事责任。公安机关是打击涉及国家保护野生动物犯罪活动的主力军。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，非法猎捕、杀害国家重点保护的珍贵、濒危野生动物的，将受到严厉的刑事处罚。

4. 市场监督管理部门：

   • 市场交易监管：如果保护动物被伤害的事件与市场交易有关（如非法收购、运输、出售国家保护野生动物及其制品），市场监督管理部门将负责监管和查处。该部门负责对市场上交易的野生动物及其制品进行严格监管，打击非法交易行为。
   • 法律依据：依据《中华人民共和国野生动物保护法》及相关市场监管法规，市场监督管理部门有权对非法交易野生动物及其制品的行为进行处罚。

5. 海关部门：

   • 进出境监管：如果保护动物被伤害的事件涉及跨境走私（如非法进出口国家保护野生动物及其制品），海关部门将负责监管和查验。海关部门依据相关法律法规，对涉嫌走私国家保护野生动物及其制品的行为进行严厉查处。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国海关法》及相关规定，海关部门有权对非法进出口野生动物及其制品的行为进行处罚。

建议与后续行动：

• 如果您发现保护动物被伤害的情况，首先应立即向当地的林业和草原部门（或农业农村部门，如果是水生野生动物）报告，并提供相关证据和信息。
• 如果涉及犯罪行为（如非法猎捕、杀害、交易等），同时向公安机关报案，以便及时追究相关责任人的法律责任。
• 如果您在市场上发现非法交易保护动物及其制品的行为，可以向市场监督管理部门举报。
• 如果涉及跨境走私，可以向海关部门举报。

保护动物是每个人的责任，如果您有任何关于动物保护的法律问题或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。