结论前置：合同中写“旷工一天扣三天工资”的做法，在大多数情况下是不合法的。这一结论主要基于我国《劳动法》、《劳动合同法》及《工资支付暂行规定》中的相关规定，同时从法理角度也显得不公平合理。
法律依据与解析
法律法规明确性：
- 根据《劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这构成了判断扣罚工资行为合法性的基本法律框架。
- 《劳动合同法》第三十条也强调，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。
- 《工资支付暂行规定》第十六条进一步指出，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，但扣除部分不得超过月工资的20%，并需保障剩余工资不低于当地最低工资标准。旷工一天并不直接等同于造成经济损失，因此直接扣三天工资缺乏法律依据。
法理角度的考量：
- 从公平合理原则出发，旷工一天仅代表劳动者当天未提供劳动，用人单位有权不支付当天的工资作为对缺勤行为的回应。但额外扣除两天工资则构成了超出合理范围的惩罚，损害了劳动者的合法权益，破坏了劳动关系的和谐稳定。
规章制度的有效性：
- 尽管某些用人单位的规章制度中可能规定了“旷工一天扣三天工资”的条款，但这并不意味着该条款必然合法有效。规章制度的制定需通过民主程序，内容不得违反法律法规，且必须向劳动者公示或告知。即使满足这些条件，司法实践中也可能因过度惩罚而被视为不合理。
实际操作中的建议
对于用人单位：
- 在制定规章制度时，应确保其内容符合法律法规的要求，避免过度惩罚员工。可以规定旷工一天不支付当天工资，但不应额外扣除其他天数的工资。
- 若员工旷工确实给用人单位造成了经济损失，应通过合法途径要求赔偿，且赔偿金额需合理计算，不得超过法定限制。
对于劳动者：
- 面对不合理的克扣工资行为，首先应与用人单位协商解决，表达自身合法权益。
- 协商不成时，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在投诉或申请仲裁时，应提供相关证据，如劳动合同、工资条、旷工记录等，以支持自己的主张。
示例说明
假设某员工月工资为5000元，日工资约为230元（5000元/21.75天）。若该员工旷工一天，用人单位有权不支付其当天的工资230元。但若用人单位额外扣除其两天的工资460元，则总扣除金额达到了690元，这明显超出了法律允许的范围，也违背了公平合理原则。
综上所述，合同中写“旷工一天扣三天工资”的做法在法律上通常是不合法的。用人单位应遵守相关法律法规，确保工资支付的合法性和合理性；劳动者也应了解自己的权益，必要时采取法律手段维护自身利益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。