单位犯罪中，单位和法定代表人、股东一般不能分开起诉，但在特定情况下可能存在分别追责的情形。具体分析如下：

1. 单位犯罪的追责原则
   根据《刑法》第三十条、第三十一条，单位犯罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员判处刑罚。这意味着：

   • 单位与自然人需共同承担责任：单位是犯罪主体，需被判处罚金；法定代表人或直接责任人员（如股东、高管）可能因参与犯罪被追究刑事责任。
     
   • 诉讼程序上的关联性：在刑事诉讼中，单位与自然人通常作为共同被告参与诉讼，检察院会一并提起公诉，法院也会合并审理。

2. 可能分开追责的例外情形

   • 自然人独立承担刑事责任：若股东或法定代表人未参与单位犯罪（如完全不知情或未实施犯罪行为），则仅单位被追责，自然人无需承担刑事责任。
     
   • 单位已注销或无法到案：若单位在诉讼前已注销、破产或无法承担责任，检察院可能仅对直接责任人员提起公诉（但需证明单位犯罪事实存在）。
     
   • 民事赔偿与刑事追责分离：在刑事诉讼中，若自然人需承担民事赔偿责任（如赔偿被害人损失），可能通过附带民事诉讼或单独民事诉讼解决，但这与刑事追责的“起诉”性质不同。

3. 股东的特殊情形

   • 股东责任有限性：股东通常仅以出资额为限承担有限责任，除非存在滥用公司法人独立地位、逃避债务等情形（如《公司法》第二十条），否则不会被追加为刑事被告。
     
   • 例外：股东直接参与犯罪：若股东实际控制单位并主导犯罪行为（如“实际控制人”），可能被认定为“直接负责的主管人员”，与单位共同承担刑事责任。

建议：若涉及单位犯罪，需结合具体案情（如自然人是否参与犯罪、单位是否存续等）判断追责方式。如有疑问，可直接向我咨询，我会结合证据和法律条款为您详细分析。