存疑不起诉与认罪认罚的关系，需分情况讨论：

1. 存疑不起诉的基本概念：

   • 存疑不起诉，又称证据不足不起诉，是指检察机关在审查起诉阶段，对于经过补充侦查后，仍然认为证据不足，不符合起诉条件的案件，作出的不起诉决定。这种决定基于的是“疑罪从无”的原则，即当证据不足以证明犯罪嫌疑人有罪时，应推定其无罪。

2. 认罪认罚的基本概念：

   • 认罪认罚是指犯罪嫌疑人、被告人自愿如实供述自己的罪行，承认指控的犯罪事实，愿意接受处罚的制度。认罪认罚制度旨在提高诉讼效率，节约司法资源，同时给予犯罪嫌疑人、被告人一定的量刑优惠。

3. 存疑不起诉与认罪认罚的关系分析：

   • 情况一：在审查起诉阶段已认罪认罚，但证据不足：
     • 如果犯罪嫌疑人在审查起诉阶段已经认罪认罚，但检察机关经过审查后认为证据不足，仍然可以作出存疑不起诉的决定。这是因为认罪认罚并不改变案件事实的认定，如果证据不足以支持起诉，检察机关仍需遵循“疑罪从无”的原则。
   • 情况二：认罪认罚作为证据的一部分：
     • 认罪认罚本身可以作为证据的一种，用于证明犯罪嫌疑人的有罪态度。然而，在存疑不起诉的情境下，即使犯罪嫌疑人认罪认罚，如果其他证据不足以形成完整的证据链，检察机关仍可能作出不起诉决定。认罪认罚在此情况下可能作为量刑情节考虑，但不足以单独支撑起诉。
   • 情况三：认罪认罚后的程序转化：
     • 如果犯罪嫌疑人在审查起诉阶段认罪认罚，但检察机关认为证据不足而作出存疑不起诉决定后，案件并非完全终结。如果后续发现新的证据，足以证明犯罪嫌疑人有罪，检察机关可以重新提起公诉。此时，犯罪嫌疑人之前的认罪认罚态度可能作为量刑时的参考因素。

4. 法律建议：

   • 对于犯罪嫌疑人而言，如果面临存疑不起诉的情况，即使之前已经认罪认罚，也应保持谨慎态度。因为存疑不起诉并不等同于无罪判决，如果后续发现新证据，仍可能面临被起诉的风险。
   • 对于检察机关而言，在作出存疑不起诉决定时，应充分考虑认罪认罚的态度作为量刑情节的可能性，并在决定书中予以明确说明。

总结：存疑不起诉与认罪认罚并非相互排斥的关系。在审查起诉阶段，即使犯罪嫌疑人认罪认罚，如果检察机关认为证据不足，仍可以作出存疑不起诉的决定。然而，认罪认罚的态度可能作为量刑情节在后续程序中予以考虑。如有具体法律问题，可直接向我咨询。