结论：在因修路导致您厂被水淹的侵权损害案件中，一般不可以不申请因果关系鉴定直接让法院判。因果关系鉴定在确定侵权责任中起着至关重要的作用，它直接关系到能否认定修路行为与您厂被水淹之间存在法律上的因果关系，进而影响侵权责任的成立。
详细分析：
因果关系鉴定的必要性：
- 在侵权损害赔偿案件中，因果关系是认定侵权责任的关键要素之一。它要求证明侵权行为（修路）与损害结果（您厂被水淹）之间存在直接的、法律上的因果关系。
- 因果关系鉴定通常由专业的鉴定机构进行，通过科学的方法和技术手段，分析修路行为是否导致了排水系统的改变或失效，进而引发了您厂的水淹情况。
- 如果不进行因果关系鉴定，法院可能难以直接认定修路行为与您厂被水淹之间的因果关系，从而影响侵权责任的判定。
不申请因果关系鉴定的可能后果：
- 如果您选择不申请因果关系鉴定，而直接要求法院判决，法院可能会因为缺乏关键证据而无法认定侵权责任。
- 在没有充分证据证明修路行为与您厂被水淹之间存在因果关系的情况下，法院可能会驳回您的诉讼请求，或者要求您承担举证不能的不利后果。
申请因果关系鉴定的流程与建议：
- 您应尽快委托专业的鉴定机构进行因果关系鉴定，以确保鉴定结果的客观性和准确性。
- 在鉴定过程中，您应积极配合鉴定机构的工作，提供必要的资料和证据，如修路前后的排水系统图纸、现场照片、视频等。
- 鉴定完成后，您应将鉴定报告作为关键证据提交给法院，以支持您的诉讼请求。
其他可能的法律途径：
- 除了申请因果关系鉴定外，您还可以考虑收集其他相关证据，如修路单位的施工记录、监理报告、政府相关部门的批复文件等，以证明修路行为的存在及其可能对您厂造成的影响。
- 您还可以咨询专业律师，了解具体的法律程序和诉讼策略，以便更好地维护自己的合法权益。
总结与建议：
在因修路导致您厂被水淹的侵权损害案件中，申请因果关系鉴定是至关重要的。它不仅有助于证明修路行为与您厂被水淹之间的因果关系，还是法院认定侵权责任的关键依据。因此，我建议您尽快委托专业的鉴定机构进行因果关系鉴定，并积极配合鉴定机构的工作。同时，您也可以咨询我，了解具体的法律程序和诉讼策略，以便更好地维护自己的合法权益。