若劳动仲裁申请的金额高于最终认定的工伤赔偿金额，仲裁机构会以实际应得的工伤赔偿金额为准进行裁决，申请时仍按实际诉求金额填写，但需准备充分证据支撑诉求。具体分析如下：

一、劳动仲裁申请金额的确定原则

1. 以实际损失为基础：劳动仲裁申请金额应当基于劳动者因工伤遭受的实际损失来确定，包括医疗费、停工留薪期工资、护理费、一次性伤残补助金等。
2. 不得超过法定标准：各项赔偿金额的计算需严格依照《工伤保险条例》及相关法律法规的规定，不得随意提高或降低。

二、申请金额高于工伤赔偿的处理方式

1. 申请时按实际诉求填写：在提交劳动仲裁申请时，劳动者可以按照自己认为合理的金额填写申请表，这并不影响仲裁机构对案件的审理。
2. 仲裁机构依法裁决：仲裁机构在审理案件时，会根据双方提供的证据和法律法规的规定，对各项赔偿金额进行核算，最终以实际应得的工伤赔偿金额为准进行裁决。
3. 准备充分证据：为了支持自己的诉求，劳动者需要准备充分的证据，如医疗费发票、工资单、伤残鉴定报告等，以证明自己的实际损失和应得的赔偿金额。

三、注意事项

1. 合理评估诉求：在申请劳动仲裁前，劳动者应当合理评估自己的诉求金额，避免过高或过低的估计，以免影响仲裁结果。
2. 及时咨询专业人士：如果对工伤赔偿的计算或劳动仲裁的流程有疑问，可以及时咨询专业律师，以获取更准确的法律意见和帮助。
3. 遵守仲裁程序：在劳动仲裁过程中，劳动者需要遵守仲裁程序，按时参加庭审、提交证据等，以确保自己的权益得到保障。