结论概述：学校不能因学生不签三方协议而直接扣押毕业证或做不毕业处理，这种做法缺乏法律依据，学生有权维护自己的合法权益。

详细分析：

1. 毕业证发放的法律依据：

   • 根据我国相关教育法律法规，学生完成学业并达到毕业要求后，学校应当颁发毕业证书。这是学生的基本权利，也是学校的基本义务。
   • 三方协议，即毕业生、用人单位和学校三方签订的就业协议，它并非学生毕业的必要条件。学生是否签订三方协议，不影响其完成学业和获得毕业证书的资格。

2. 学校行为的合法性分析：

   • 学校扣押毕业证或做不毕业处理，必须基于学生存在违反校规校纪、未完成学业要求等合法理由。若仅因学生不签三方协议而采取此类措施，则缺乏法律依据，属于违法行为。
   • 学生有权对学校的违法行为提出异议，并可以通过法律途径维护自己的合法权益，如向教育主管部门投诉、提起行政诉讼等。

3. 学生应对策略：

   • 与学校沟通：首先，学生可以尝试与学校相关部门或负责人进行沟通，了解学校扣押毕业证或做不毕业处理的具体原因，并表达自己的诉求和理由。
   • 寻求法律援助：若沟通无果，学生可以寻求法律援助，咨询专业律师（如我，李佳丽律师，专注于合同纠纷、医疗纠纷领域），了解自己的法律权益和可能的维权途径。
   • 提起行政诉讼：在必要时，学生可以向人民法院提起行政诉讼，要求学校撤销违法决定，并颁发毕业证书。

4. 法律后果与风险提示：

   • 若学校因学生不签三方协议而扣押毕业证或做不毕业处理，学生有权要求学校承担相应的法律责任，包括赔偿损失、恢复名誉等。
   • 同时，学生也应注意保留相关证据，如学校的通知、决定书、沟通记录等，以便在维权过程中提供有力支持。

总结与建议：

学校不能因学生不签三方协议而直接扣押毕业证或做不毕业处理。学生应了解自己的法律权益，积极与学校沟通，并在必要时寻求法律援助。若遇到类似问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议和帮助。