医疗机构使用超保质期医用氧的处罚需根据具体违法情形确定，主要涉及行政处罚，情节严重可能涉及刑事处罚。具体分析如下：

1. 行政处罚层面
   根据《医疗器械监督管理条例》第八十六条及《药品管理法》第一百一十七条，医疗机构使用过期医用氧（属于医疗器械或药品范畴）的，药品监督管理部门将责令改正，并处以下处罚：
   
   • 没收违法使用的医用氧及违法所得；
     
   • 处货值金额10倍以上20倍以下罚款（货值不足1万元的按1万元计算）；
     
   • 情节严重的，责令停产停业，直至吊销许可证（如医疗机构执业许可证、医疗器械经营许可证等）。
     

特殊情形：若医用氧属于“劣药”（如过期但未变质），处罚力度可能减轻；但若导致患者损害，将从重处罚。

1. 刑事处罚层面
   若使用过期医用氧导致患者重伤、死亡或其他严重后果，可能构成《刑法》第一百四十二条规定的生产、销售劣药罪。医疗机构直接负责的主管人员和其他责任人员可能面临：

   • 三年以下有期徒刑或拘役，并处罚金；
     
   • 后果特别严重的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金。
     

2. 民事赔偿层面
   患者可依据《民法典》第一千二百一十八条（医疗损害责任）要求医疗机构赔偿医疗费、误工费、残疾赔偿金等损失。医疗机构需证明自身无过错（如已尽到检查义务），否则需承担赔偿责任。

建议：医疗机构应建立严格的医用氧采购、验收、储存及使用制度，定期检查有效期并留存记录；若发现过期医用氧，需立即封存并报告监管部门，避免扩大风险。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作细节。