当法定代表人在公司借款时，公司需要从多个层面进行细致且全面的处理，以确保公司权益不受损害，并明确相关法律责任。以下是对这一问题的详细解答：
一、借款行为的法律性质与责任归属
职务行为认定：
- 法定代表人在其权限范围内，以公司名义对外签订借款合同，这通常被视为公司的职务行为。根据《民法典》的相关规定，若合同加盖了公司公章，且债权人无恶意串通情形，那么该债务应由公司承担。
表见代理的适用：
- 即便法定代表人超越了其权限，但如果债权人有理由相信其有代理权（例如，法定代表人持有公司授权文件，或者基于过往的交易惯例），那么这仍然构成表见代理。在此情况下，公司仍需承担还款责任，但可以在事后向法定代表人进行追偿。
个人行为的例外：
- 如果法定代表人明确以个人名义借款，例如未使用公司印章，且资金未进入公司账户，那么这属于个人债务，与公司无关。
二、公司承担还款责任后的处理
公司内部追偿：
- 如果法定代表人将借款用于个人用途，这构成了对公司财产的侵占或挪用。公司在承担还款责任后，有权向法定代表人进行追偿。公司可以通过内部决策程序，如董事会决议或股东会决议，要求法定代表人赔偿因其行为给公司造成的损失。
诉讼途径：
- 如果法定代表人拒绝赔偿，公司可以向人民法院提起诉讼，要求其承担赔偿责任。在诉讼过程中，公司需要提供充分的证据证明法定代表人的侵权行为以及由此造成的损失。
三、刑事责任考量
挪用资金罪：
- 如果法定代表人以公司名义借款后，将资金挪作个人使用，且数额较大、超过三个月未还，或者虽未超过三个月但数额较大并进行营利活动，或者进行非法活动，那么可能构成挪用资金罪。根据《刑法》的相关规定，犯此罪的将面临相应的刑事处罚。
职务侵占罪：
- 在某些情况下，如果法定代表人利用职务上的便利，将公司资金占为己有，且数额较大，还可能构成职务侵占罪。这与挪用资金罪的主要区别在于，前者是将单位财物非法占为己有，而后者只是暂时挪用。
刑事追责程序：
- 如果法定代表人的行为涉嫌犯罪，公司或相关受害人可以向公安机关报案。公安机关将依法进行调查取证，并根据调查结果决定是否立案侦查。如果案件进入刑事诉讼程序，法定代表人将面临刑事处罚的风险。
四、风险防范建议
对债权人：
- 进行形式审查，要求提供公司章程、董事会决议（如需）及有效授权文件。
- 监控资金流向，确保借款汇入公司对公账户。
- 在合同中明确约定“本借款由公司承担还款责任”。
对公司：
- 完善内部制度，明确法定代表人借款权限及审批流程。
- 规范公章管理，建立双人保管、用印登记等制度。
- 定期进行审计监督，核查账目防止挪用公款。
对法定代表人：
- 确保合规操作，避免超权限签署合同。
- 保留授权文件、会议纪要等证据。
- 及时向公司报备重大借款事项。
综上所述，当法定代表人在公司借款时，公司需要综合考虑法律性质、责任归属、刑事责任以及风险防范等多个方面。通过明确各方权责、加强内部管理、完善合同条款以及及时采取法律措施等手段，公司可以有效降低风险并维护自身权益。