结论：抚养费1000元三个月未付，违约金赔10000元是否合法，需根据具体情况判断，一般情况下，若违约金过高，法院可能会根据实际损失和公平原则进行调整。
法律背景与解释：
违约金的基本原则：
- 违约金是合同双方约定的，在一方违约时，应向对方支付的一定数额的金钱。其目的在于补偿因违约造成的损失，并具有一定的惩罚性。
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。
抚养费违约金的特殊性：
- 抚养费是父母对未成年子女或不能独立生活的成年子女应尽的抚养义务的一部分，具有法律强制性。
- 在抚养费支付协议中，若双方约定了违约金条款，该条款在法律上并非绝对无效，但其合法性及合理性需受法院审查。
违约金过高的调整：
- 若抚养费支付协议中约定的违约金（如本题中的10000元）明显高于实际损失（如三个月未付的抚养费总额为3000元，加上可能的利息或损失，但远低于10000元），则可能被视为“过分高于造成的损失”。
- 在此情况下，违约方可以向法院请求减少违约金数额，法院将根据实际损失、合同履行情况、当事人的过错程度以及预期利益等综合因素，根据公平原则和诚实信用原则予以衡量，并作出裁决。
具体分析与建议：
若您是支付抚养费的一方：
- 若认为违约金过高，可以向法院提起诉讼或申请仲裁，请求减少违约金数额。
- 在诉讼或仲裁过程中，应提供证据证明实际损失远低于约定的违约金数额，以及违约金过高对您的经济负担造成的不合理影响。
若您是接收抚养费的一方：
- 若对方未支付抚养费且您希望主张违约金，应确保违约金条款在协议中明确约定，并符合法律规定的合理性要求。
- 若对方提出违约金过高的抗辩，您应准备证据证明实际损失与违约金数额相当，或违约金具有合理的惩罚性和补偿性。
计算公式与示例（虽本题不直接涉及具体计算，但为说明违约金调整原则，提供示例）：
- 假设实际损失为L（如三个月未付的抚养费总额加上合理利息或损失），约定的违约金为P（如10000元）。
- 若P明显高于L，法院可能会根据公平原则将违约金调整为接近L的数额，或根据L的一定比例（如1.3倍、1.5倍等，具体由法院裁量）确定新的违约金数额。
进一步思考：
- 在签订抚养费支付协议时，双方应充分考虑实际损失和违约成本，合理约定违约金数额，以避免后续纠纷。
- 若发生抚养费支付纠纷，建议双方首先通过协商解决；协商不成的，可以寻求法律途径解决，并准备好相关证据以支持自己的主张。
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