结论：融资租赁设备已经还完款但未办理所有权转让手续的情况下，设备折旧的金额是否有效，需视具体情况而定，主要取决于租赁合同中的约定以及相关法律法规的规定。以下从不同角度进行分析：
一、合同约定优先
合同中有明确约定：
- 如果融资租赁合同中明确约定了设备所有权在租金支付完毕后自动转移给承租人，或者约定了所有权转移的具体条件和程序，那么即使未办理正式的所有权转让手续，只要满足合同约定的条件，设备所有权即视为已转移。在此情况下，设备折旧的金额通常会被视为有效，因为折旧是基于设备所有权和使用权而产生的经济现象。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人之间可以约定合同的内容，只要不违反法律、行政法规的强制性规定，合同即具有法律效力。因此，合同中的约定是判断设备折旧金额是否有效的首要依据。
合同中无明确约定：
- 如果融资租赁合同中没有明确约定设备所有权的转移条件或程序，那么设备所有权的转移可能需要通过办理正式的所有权转让手续来实现。在此情况下，如果未办理所有权转让手续，设备所有权可能仍属于出租人，承租人可能无权主张设备折旧的金额。
- 法律建议：在这种情况下，承租人应尽快与出租人协商办理所有权转让手续，以明确设备所有权的归属，并据此主张设备折旧的金额。
二、法律法规的规定
融资租赁相关法律法规：
- 根据《中华人民共和国民法典》中关于融资租赁合同的规定，融资租赁合同是出租人根据承租人对出卖人、租赁物的选择，向出卖人购买租赁物，提供给承租人使用，承租人支付租金的合同。在租金支付完毕后，设备所有权的归属应依据合同约定或法律规定来确定。
- 法律后果：如果法律法规或合同约定了设备所有权在租金支付完毕后的转移条件，而承租人未满足这些条件（如未办理所有权转让手续），则可能无法主张设备折旧的金额。
税务和会计处理：
- 从税务和会计的角度来看，设备折旧的金额通常与设备的所有权和使用权密切相关。如果设备所有权未正式转移给承租人，那么承租人在税务和会计处理上可能无法将设备折旧作为成本进行扣除。
- 实际操作建议：承租人应咨询专业的税务和会计人员，了解在设备所有权未正式转移的情况下如何进行税务和会计处理，以避免潜在的税务风险。
三、实际操作中的注意事项
保留相关证据：
- 承租人应保留好融资租赁合同、租金支付凭证、设备使用记录等相关证据，以证明自己对设备的使用情况和租金支付情况。这些证据在主张设备折旧金额时可能起到关键作用。
及时沟通协商：
- 如果承租人发现设备所有权未正式转移且可能影响设备折旧金额的主张，应及时与出租人沟通协商，寻求解决方案。通过友好协商，双方可以达成共识并办理所有权转让手续，从而明确设备所有权的归属。
总结与建议：融资租赁设备已经还完款但未办理所有权转让手续的情况下，设备折旧的金额是否有效需视合同约定和法律法规的规定而定。承租人应仔细审查融资租赁合同中的相关条款，并咨询专业的法律和税务人员以获取准确的法律意见和税务处理建议。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。