结论：法院判决生效后，债权人与债务人未经担保人同意达成还款协议，担保人是否还承担责任，需根据具体情况判断，一般情况下，若该协议实质性加重了担保人的负担，担保人可依法免责；若未加重负担，担保人可能仍需承担责任。以下为详细分析：
一、担保人责任的基本原则
在债务债权关系中，担保人承担的是一种从属的、补充性的责任。这意味着，担保人的责任范围通常取决于主债务的范围以及担保合同的约定。当法院判决生效后，债权人与债务人之间的还款协议，如果未经担保人同意，且该协议改变了原判决或原担保合同的内容，就可能对担保人的责任产生影响。
二、未经担保人同意的还款协议对担保人责任的影响
协议实质性加重担保人负担：
- 如果债权人与债务人达成的还款协议，实质性地加重了担保人的负担，比如增加了担保金额、延长了担保期限、改变了担保方式等，那么根据《民法典》的相关规定，担保人可以依法免责。因为担保人并未同意这种变更，且这种变更可能对其不利。
协议未加重担保人负担：
- 如果还款协议并未实质性地加重担保人的负担，比如只是调整了还款计划、提供了更灵活的还款方式等，且这些变更并未损害担保人的合法权益，那么担保人可能仍需承担担保责任。因为担保人的基本担保义务并未因该协议而改变。
三、具体案例分析
假设在一个具体的案例中，法院判决债务人偿还债权人一定金额的债务，并由担保人提供连带责任保证。判决生效后，债权人与债务人未经担保人同意，达成了一份新的还款协议，约定债务人分期偿还债务，且每期还款金额有所减少，但总还款金额不变，且还款期限有所延长。
若担保合同中明确约定了还款期限和还款方式：
- 在这种情况下，新的还款协议改变了原担保合同中的还款期限和还款方式，可能实质性地影响了担保人的权益（如担保期限的延长可能增加了担保人的风险）。因此，担保人可以主张免责，除非债权人能够证明这种变更并未加重担保人的负担。
若担保合同中未明确约定还款期限和还款方式：
- 如果担保合同只是概括性地约定了担保人对债务人的债务承担连带责任保证，而未具体约定还款期限和还款方式，那么新的还款协议可能被视为债权人与债务人之间的内部安排，对担保人不产生直接约束力。在这种情况下，担保人可能仍需按照原判决或原担保合同的约定承担担保责任。
四、法律建议
对于债权人：
- 在与债务人达成还款协议时，应尽量征得担保人的同意，以确保担保责任的连续性和有效性。
- 如果无法征得担保人同意，应谨慎评估还款协议对担保人责任的影响，避免因此导致担保人免责。
对于担保人：
- 在得知债权人与债务人达成还款协议后，应仔细审查协议内容，评估其对自己责任的影响。
- 如果认为协议实质性地加重了自己的负担，应及时向债权人提出异议，并考虑采取法律措施维护自己的合法权益。
对于债务人：
- 应诚实守信地履行还款义务，避免因违约而给债权人和担保人带来不必要的麻烦和损失。
- 如果需要与债权人达成还款协议，应尽量与担保人沟通协商，以达成共识并维护各方利益。
在实际操作中，每个案件的具体情况都有所不同，因此建议当事人在遇到类似问题时，及时咨询专业律师以获取更具体的法律建议。如果你有相关法律问题，可以直接向我咨询。