当一般纳税人公司的法人去世且公司存在债务纠纷时，公司仍然是可以依法进行注销的，但这一过程需要严格遵循相关法律法规，并确保所有程序合法、合规。以下是对此问题的详细解答：
一、公司法人去世与注销的关系
公司法人的去世并不直接决定公司是否可以注销。公司的注销是一个法律程序，它取决于公司股东或董事会的决定，以及公司是否满足注销的法定条件。即使法人去世，只要公司股东或董事会决定不再继续经营，并按照法定程序进行清算和注销，公司就可以被注销。
二、注销的法定程序（特别关注债务纠纷）
确定公司是否继续存续：
- 法人去世后，公司的股东或董事会需首先决定公司是否继续经营。若决定不再经营，则启动注销程序。
组织清算组并进行清算：
- 成立清算组：由股东（有限责任公司）或董事/股东大会确定的人员（股份有限公司）组成清算组，开始清算工作。
- 清理财产与编制清单：全面清理公司资产，编制资产负债表和财产清单。
- 处理债务纠纷：这是注销过程中的关键环节。清算组需要确保所有债务得到妥善处理，包括与债权人的协商、债务的清偿或债务重组等。如果公司存在未了结的债务纠纷，清算组需要积极与债权人沟通，寻求解决方案，如达成债务清偿协议或进行债务重组。
- 清缴税款：确保税务无遗留问题。
- 分配剩余财产：如有剩余，按股东出资比例或股份比例分配。
- 制作清算报告：清算结束后，清算组应制作清算报告，报股东会确认。
提交注销申请：
- 准备材料：包括注销登记申请书、经股东会确认的清算报告等必要文件。在提交时，需要特别说明债务纠纷的处理情况。
- 向登记机关提交：向公司登记机关递交申请材料。
审核批准：
- 登记机关审核：登记机关对申请材料进行审核，包括债务纠纷的处理情况。如材料齐全、符合法定形式，且债务纠纷已得到妥善处理，则核准注销登记，公司终止。
三、注销的注意事项（特别针对债务纠纷）
确保债务纠纷得到妥善处理：
- 在注销前，必须确保所有债务纠纷已得到妥善处理，否则可能导致注销申请被驳回或注销后仍面临法律责任。
关注公司章程：
- 检查公司章程是否对股权继承或公司注销有特殊规定，并按章程处理。特别是关于债务处理和注销程序的规定。
保留重要证照与文件：
- 在整个注销过程中，应妥善保管公司的公章、营业执照等重要证照和文件，确保按规定程序使用和交接。这些文件在处理债务纠纷和注销申请时可能起到关键作用。
四、法律依据
- 《中华人民共和国公司法》第九十条：规定了自然人股东死亡后，其合法继承人可以继承股东资格（公司章程另有规定的除外）。这虽然不直接涉及注销，但影响了公司股东结构的变更，可能间接影响注销决策。
- 《中华人民共和国公司法》第二百三十九条：明确了公司清算结束后应制作清算报告，并报送公司登记机关申请注销公司登记的要求。这是注销的直接法律依据。
综上所述，一般纳税人公司法人去世且存在债务纠纷时，公司仍然可以依法进行注销，但必须确保债务纠纷得到妥善处理，并严格遵守相关法律法规和注销程序。