结论：理疗店将保健膏药放在自制包装袋里销售是否违法，需根据具体情况判断，主要涉及产品标识合规性、产品合法性及经营资质三个核心方面。以下从这三个角度详细分析：

一、产品标识合规性

1. 标识要求：根据《中华人民共和国产品质量法》第二十七条，产品或者其包装上的标识必须真实，并符合以下要求：

   • 有产品质量检验合格证明；
   • 有中文标明的产品名称、生产厂厂名和厂址；
   • 根据产品的特点和使用要求，需要标明产品规格、等级、所含主要成份的名称和含量的，用中文相应予以标明；需要事先让消费者知晓的，应当在外包装上标明，或者预先向消费者提供有关资料；
   • 限期使用的产品，应当在显著位置清晰地标明生产日期和安全使用期或者失效日期；
   • 使用不当，容易造成产品本身损坏或者可能危及人身、财产安全的产品，应当有警示标志或者中文警示说明。

2. 自制包装袋的影响：若自制包装袋未包含上述必要标识，或标识内容不真实、不完整，则可能构成违法。例如，若未标明生产日期、安全使用期或失效日期，对于限期使用的保健膏药而言，将违反产品质量法的规定。

二、产品合法性

1. 保健膏药的性质：保健膏药若属于药品，则需遵守《中华人民共和国药品管理法》的相关规定，包括药品生产、经营许可、药品注册、药品广告审查等。若属于医疗器械，则需遵守《医疗器械监督管理条例》的相关规定。

2. 自制包装与产品合法性：自制包装袋本身不直接决定产品的合法性，但若包装上标注了虚假信息或误导性信息，如夸大产品功效、伪造生产厂家等，则可能构成违法。此外，若保健膏药本身未经合法注册或备案，无论包装如何，均属于非法产品。

三、经营资质

1. 经营许可：根据《中华人民共和国药品管理法》或《医疗器械监督管理条例》等相关法律法规，销售药品或医疗器械需取得相应的经营许可。若理疗店未取得相关许可而销售保健膏药，则构成违法。

2. 自制包装与经营资质：自制包装袋不直接影响经营资质的合法性，但若理疗店通过自制包装袋规避监管，如未标注真实生产厂家、未取得经营许可等，则可能面临更严重的法律后果。

建议：

• 合规性检查：理疗店应首先确认保健膏药的性质（药品、医疗器械或普通保健品），并检查其是否已取得相应的注册或备案证明。
• 标识完善：确保自制包装袋上的标识真实、完整，符合产品质量法的相关规定。
• 经营许可：若销售药品或医疗器械，需取得相应的经营许可，并遵守相关法律法规的规定。
• 咨询专业意见：鉴于法律问题的复杂性，建议理疗店在销售前咨询专业律师或相关监管部门，以确保合规经营。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我将根据你的具体情况提供详细的法律建议。