民办非企业单位在符合法律法规、自身章程以及相关规定的前提下，是可以将其合法拥有的房屋租出去的。以下从多个角度为您详细分析：

一、合法性基础

1. 产权与法律实体资格：

   • 民办非企业单位作为法律实体，必须对该房屋拥有合法的产权或经授权的处分权，这是出租的基本前提。产权应通过购买、受赠等合法途径取得，并持有有效的产权证书。
   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，租赁合同是出租人将租赁物交付承租人使用、收益的合同，并未对出租人的主体资格进行限制。因此，民办非企业单位作为法律实体，有权签订租赁合同。

2. 符合章程与业务范围：

   • 民办非企业单位的章程是其运行的基本准则。若章程明确允许开展房屋租赁等经营活动，则内部管理上可行。
   • 同时，根据《民办非企业单位登记管理暂行条例》及其实施细则，出租的房屋及其用途应与民办非企业单位的宗旨和业务范围相适应，不得用于无关活动。例如，若民办非企业单位的宗旨是教育，则出租的房屋应主要用于教育相关活动，而非商业经营或居民住宅（除非特别允许）。

二、履行相关手续与义务

1. 备案登记与税务申报：

   • 出租房屋需按照当地房地产管理部门的要求进行房屋租赁备案登记，提交必要的材料如房屋产权证明、租赁合同等。这是确保租赁行为合法性的重要步骤。
   • 取得的租金收入属于应税收入，民办非企业单位需按税收法规进行税务申报并缴纳相应税款，如增值税、房产税等。这是履行纳税义务的重要体现。

2. 确保合同合法有效：

   • 租赁合同应明确双方的权利义务，包括租赁期限、租金及支付方式、房屋使用要求、维修责任等。合同内容应不违反法律法规的强制性规定，以确保合同的合法性和有效性。
   • 在签订合同时，民办非企业单位应仔细审查合同条款，确保自身权益得到充分保障。同时，也应向承租方明确告知房屋的使用要求和限制，以避免后续纠纷。

3. 履行出租人职责：

   • 在租赁期间，民办非企业单位应确保房屋及其设施处于良好状态，并按照合同约定履行维修等义务。这是维护承租方合法权益的重要责任。
   • 同时，民办非企业单位应确保出租的房屋用途合法，不得是居民住宅（除非特别允许），且必须符合当地的城市规划和房地产管理法规。这是遵守法律法规和城市规划要求的重要体现。

三、实际操作建议

• 咨询当地政策：由于法律法规和政策可能因地区而异，民办非企业单位在出租房屋前应咨询当地房地产管理部门或相关机构，了解具体的备案登记、税务申报等要求。
• 完善合同管理：在签订租赁合同时，民办非企业单位应确保合同内容合法、明确、具体，并妥善保管合同文本和相关证据材料。这有助于在后续纠纷中维护自身权益。
• 定期检查房屋：在租赁期间，民办非企业单位应定期检查房屋及其设施的使用情况，及时发现并处理问题。这有助于确保房屋的安全性和正常使用性。

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