结论：员工支付的租金能否抵扣住房租金，需根据具体情况判断，主要取决于租房合同的性质、租金支付方式以及税务政策等因素。以下从不同角度进行分析：
合同性质与租金支付方式
- 公司全额承担租金：若租房合同明确约定公司全额承担租金，员工无需支付任何费用，则不存在租金抵扣的问题。
- 员工支付部分租金：若租房合同约定员工需支付部分租金，这部分租金通常被视为员工个人承担的住房费用。在此情况下，员工支付的租金能否抵扣，需看具体税务政策。
税务政策角度
- 个人所得税专项附加扣除：根据现行个人所得税法，住房租金支出可以作为专项附加扣除项目之一。但这一扣除通常适用于个人直接与房东签订租房合同并支付租金的情况。若员工是通过公司租房，且租金由公司统一支付或部分由公司支付，员工个人支付的租金部分能否享受专项附加扣除，需根据当地税务部门的具体规定和解释来确定。
- 公司税务处理：对于公司而言，如果租房合同是以公司名义签订，且租金由公司支付或部分支付，那么这部分租金通常作为公司的运营成本或福利费用进行税务处理，与员工个人的税务抵扣无直接关系。
实际操作建议
- 查阅税务政策：建议员工首先查阅当地税务部门关于住房租金专项附加扣除的具体规定，了解是否符合抵扣条件。
- 与公司沟通：员工可以与公司财务部门或人力资源部门沟通，了解公司对于员工支付租金的税务处理方式，以及是否有可能协助员工进行税务抵扣。
- 保留相关凭证：无论能否享受税务抵扣，员工都应保留好租房合同、租金支付凭证等相关文件，以备不时之需。
特殊情况说明：
- 如果公司租房合同中明确约定了员工支付的租金部分可以享受某种形式的税务优惠或抵扣，那么员工应按照合同约定进行操作，并确保符合相关税务法规的要求。
- 在某些地区或特定情况下，政府可能出台了针对企业租房给员工使用的特殊税务政策或补贴措施。员工可以关注当地政府或税务部门的官方网站，了解是否有相关政策可以适用。
总结与建议：员工支付的租金能否抵扣住房租金，需综合考虑合同性质、租金支付方式以及税务政策等多个因素。建议员工在遇到此类问题时，首先查阅相关税务政策，并与公司沟通了解具体情况，必要时可咨询专业税务人士或向我进一步咨询，以确保自身权益得到妥善保障。