关于员工停职调查期间的工资发放问题，这是一个涉及劳动者基本权益的重要事项，需要依据法律法规、劳动合同约定以及用人单位的规章制度来综合判断。以下是我为您提供的详细解答：
一、基本原则
- 劳动关系存续：在停职调查期间，员工与用人单位的劳动关系依然有效存续，员工因此享有获得工资待遇的基本权利。
- 基本生活保障：用人单位有责任支付员工一定的基本生活费用，或按照当地最低工资标准支付工资，以确保员工的基本生活需求得到满足。
二、具体工资发放标准
劳动者无过错情况：
- 如果停职调查是用人单位按照合法规章制度和正当程序进行的，且劳动者本身不存在过错行为，那么用人单位应按照劳动合同的约定正常发放工资。
劳动者存在过错嫌疑情况：
- 停职时间不超过一个工资支付周期：通常应支付基本工资或按照劳动合同约定的方式支付工资。
- 停职时间超过一个工资支付周期：若员工在此期间未提供劳动，用人单位一般应支付生活费，该费用不得低于当地最低工资标准的80%。
- 调查结果影响：若调查最终证明劳动者无过错，用人单位应补发停职期间的全部工资；若确认劳动者有过错，用人单位可根据规章制度适当扣减工资，但扣减后的工资不得低于当地最低工资标准。
特殊法律规定及合同约定：
- 用人单位必须遵守地区特别法律法规对停职调查期间工资发放的规定。
- 如果劳动合同中有关于停职调查期间工资发放的具体约定，双方应按照约定执行，但该约定不得违反法律法规的强制性规定。
三、具体情形下的处理方式
因劳动者个人原因停职：
- 涉嫌违法违纪：若劳动者因涉嫌违法违纪被停职，用人单位通常会按劳动合同约定支付工资。但若劳动者行为给公司造成损失，用人单位可要求赔偿，赔偿额可从工资中扣除，但每月扣除部分不得超过工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。
- 不胜任工作：若劳动者因不胜任工作而被安排停职培训，用人单位应按正常出勤支付工资。
因公司原因停职：
- 非因劳动者原因（如公司经营调整）导致停工、停产，在一个工资支付周期内，用人单位应按劳动合同规定支付工资；超过一个周期，若劳动者提供正常劳动，则支付的劳动报酬不得低于当地最低工资标准；若未提供正常劳动，应按国家有关规定办理，通常不低于当地最低工资标准的一定比例支付生活费。
四、员工权益保障与建议
- 了解自身权益：员工在停职调查期间应充分了解自己的合法权益，包括工资发放标准、基本生活保障等。
- 协商沟通：首先尝试与用人单位进行协商沟通，以和平解决工资发放问题。
- 法律途径维权：若协商不成，员工可向劳动保障监察机构投诉举报、向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或通过诉讼途径维护自己的合法权益。
五、法律依据
- 《中华人民共和国劳动合同法》：规定用人单位应依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者权益，不得克扣或无故拖欠工资。
- 《中华人民共和国劳动法》：明确用人单位克扣或无故拖欠劳动者工资的法律责任，包括支付工资报酬、经济补偿及赔偿金。
- 《工资支付暂行规定》：对停工、停产期间的工资支付有明确规定。
综上所述，停职调查期间的工资发放问题需综合考虑多种因素。用人单位应依法行事，确保员工的基本权益不受损害；员工也应了解自己的权益并采取合法途径维护自身权益。希望以上解答能对您有所帮助。