结论：自然资源行政处罚办案中，实施前立案但实施后结案的案件，其法律适用原则上遵循“从旧兼从轻”规则，即原则上适用违法行为发生时的法律规定，但作出处罚决定时，若法律、法规、规章已经修改废止，且新规定处罚更轻或者不认为是违法的，则应适用新规定。

详细分析：

1. 法律适用基本原则：

   • 在自然资源行政处罚中，法律适用是核心环节。当案件从立案到结案跨越了法律、法规、规章的修改废止时，必须考虑法律适用的时间效力问题。
   • 根据“从旧兼从轻”原则，行政机关在作出处罚决定时，应首先审查违法行为发生时的法律规定，并以此为基础进行处罚。然而，如果在此期间相关法律、法规、规章已经修改废止，且新规定对同一违法行为的处罚更轻或者不认为是违法的，那么行政机关应当适用新规定。

2. 具体应用场景：

   • 假设某企业在2020年实施了一项自然资源违法行为，当时适用的法律规定对该行为的处罚较重。然而，在2023年行政机关对该企业进行处罚时，相关法律已经修改，且新规定对该行为的处罚更轻或者不认为是违法的。在这种情况下，行政机关应当适用新规定，对企业作出更轻的处罚或者不予处罚。
   • 另一方面，如果新规定并未改变对违法行为的处罚力度或者认定标准，那么行政机关仍然应适用违法行为发生时的法律规定进行处罚。

3. 程序约束与保障：

   • 在整个处罚过程中，行政机关必须严格遵守法定程序，包括立案、调查取证、审查决定、送达执行等各个环节。这有助于确保处罚的公正性和合法性，保护当事人的合法权益。
   • 同时，当事人也享有陈述权、申辩权等权利。如果当事人对处罚决定不服，可以依法申请行政复议或者提起行政诉讼。

4. 实务建议：

   • 对于自然资源行政处罚办案人员来说，在处理实施前立案但实施后结案的案件时，应密切关注相关法律、法规、规章的修改废止情况，确保法律适用的准确性和及时性。
   • 在作出处罚决定前，应充分听取当事人的陈述和申辩意见，确保处罚决定的公正性和合理性。
   • 如果案件涉及复杂的法律适用问题或者存在争议点，建议咨询专业律师或者上级行政机关的意见，以确保处罚决定的合法性和有效性。

总结：自然资源行政处罚办案中，实施前立案但实施后结案的案件的法律适用问题，关键在于遵循“从旧兼从轻”原则。行政机关在作出处罚决定时，应综合考虑违法行为发生时的法律规定以及作出处罚决定时的法律修改情况，确保法律适用的准确性和公正性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。