不合法原始凭证应当拒绝接收，并要求相关责任方重新提供合法有效的凭证；若无法重新提供，需根据具体情况进行相应处理并保留证据，必要时通过法律途径解决。 以下从不同角度详细阐述处理方式：

1. 拒绝接收与要求重开
   根据《中华人民共和国会计法》第十四条，会计机构、会计人员必须按照国家统一的会计制度的规定对原始凭证进行审核，对不真实、不合法的原始凭证有权不予接受，并向单位负责人报告，请求查明原因，追究有关当事人的责任。因此，发现凭证不合法时，应第一时间拒绝接收，并明确告知提供方凭证存在的问题（如缺少必要签章、内容虚假、违反法律法规等），要求其重新开具合法凭证。

2. 内部处理与报告义务
   若不合法凭证已进入企业内部流程（如已部分入账），需立即停止相关操作，并按照《会计法》要求向单位负责人书面报告，说明凭证不合法性及潜在风险（如税务处罚、审计问题等）。单位负责人应组织调查，若涉及内部人员违规，需依据企业规章制度处理；若涉及外部单位，需通过协商或法律途径解决。

3. 证据保留与风险防范
   对不合法凭证及其处理过程需完整留存证据，包括：

   • 原始凭证的复印件或照片；
     
   • 与提供方的沟通记录（邮件、短信、录音等）；
     
   • 企业内部审核记录及报告文件。
     这些证据在后续税务检查、审计或诉讼中至关重要，可证明企业已履行合理审查义务，避免被认定为“明知不合法仍使用”而承担连带责任。

4. 法律救济途径
   若提供方拒绝重开凭证或协商无果，企业可依据《民法典》第五百七十七条（违约责任）或《刑法》第二百六十六条（诈骗罪，若涉及虚假凭证）等条款，通过诉讼或仲裁要求对方承担违约责任或刑事责任。例如，因虚假凭证导致企业多缴税款的，可要求提供方赔偿损失；若凭证涉及伪造公章等犯罪行为，需立即向公安机关报案。

5. 特殊情形处理

   • 紧急情况下的临时处理：若因业务紧急必须使用不合法凭证（如跨境交易中对方无法及时提供合规发票），可暂以替代凭证（如合同、付款记录、对方确认函）入账，但需在凭证上注明“临时入账，待补合法凭证”并限期补正，同时向税务机关备案说明情况。
     
   • 历史遗留问题：对已入账的不合法凭证，若因年代久远无法联系提供方，需通过专项审计清理，调整账目并补缴税款（如有），同时完善内部控制制度防止类似问题再次发生。

总结：不合法原始凭证的处理需以“拒绝-报告-留证-救济”为核心流程，企业应通过完善内控制度（如建立凭证审核清单、定期培训财务人员）从源头减少风险。若遇复杂情形（如跨境交易、刑事犯罪嫌疑），建议直接向我咨询具体操作方案。