在城乡规划违法建设的处理中，通常程序是先对违法建设行为进行调查认定，根据具体情况决定是否罚款，之后才会涉及补办相关证件的问题，并非简单绝对的先办证或先罚款，需分情况讨论：

1. 对于尚可采取改正措施消除对规划实施影响的违法建设
   • 罚款环节：城乡规划主管部门会先责令建设者停止建设，若能在规定期限内采取改正措施消除影响，通常会处以建设工程造价一定比例（一般是5%以上10%以下）的罚款。罚款是对违法建设行为的一种行政处罚，目的是惩戒违法行为，维护城乡规划的严肃性。
   • 办证环节：在建设者缴纳罚款并按照要求完成整改，经城乡规划主管部门验收合格后，对于符合规划要求的部分，可以按照规定补办建设工程规划许可证等相关证件。这样既对违法行为进行了处罚，又给予了建设者改正的机会，使其合法化。例如，某居民在自家住宅旁未经批准搭建了一个小仓库，经调查该仓库的搭建位置、建筑风格等对整体规划影响较小，通过调整位置、改变外观等方式可以消除影响。城乡规划主管部门先对其处以罚款，居民缴纳罚款并完成整改后，可补办相关证件。
2. 对于无法采取改正措施消除影响的违法建设
   • 罚款环节：同样，城乡规划主管部门会先进行调查取证，确认违法建设的事实和性质。对于这种严重影响城乡规划实施的违法建设，除了会处以更严厉的罚款（建设工程造价10%以下），还会责令限期拆除。罚款是对违法建设行为的一种经济制裁，强调对违法成本的承担。
   • 办证环节：由于此类违法建设无法通过改正来符合规划要求，所以不存在补办相关证件的可能性。建设者必须在规定的期限内自行拆除违法建筑，若逾期不拆除，城乡规划主管部门可以依法强制拆除。比如，某企业在未经批准的情况下在规划的绿地用地上建设了一座厂房，严重破坏了城市的生态环境和规划布局，无法通过整改来消除影响，这种情况下企业除了要缴纳罚款，还必须拆除厂房，不可能为其补办建设工程规划许可证。