刑事案件中，检察院作出不起诉决定通常意味着案件在刑事诉讼程序上结案，但并非绝对，特定情况下案件仍可能重新进入司法程序。以下是对这一结论的详细解释：
一、一般情况：案件结案
法定不起诉与酌定不起诉：
- 法定不起诉：依据《中华人民共和国刑事诉讼法》第十六条，若案件存在情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；犯罪已过追诉时效期限的；经特赦令免除刑罚的；依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的；犯罪嫌疑人、被告人死亡的；其他法律规定免予追究刑事责任的等情形之一，检察院应作出不起诉决定。此时，案件在刑事诉讼程序上视为结案，因为行为不构成犯罪或依法不应追究刑事责任。
- 酌定不起诉：对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或免除刑罚的，如犯罪嫌疑人具有自首、立功、坦白等从轻、减轻或免除处罚情节，检察院可以作出不起诉决定。这体现了检察机关的自由裁量权，一旦决定不起诉，刑事诉讼程序即行终止，案件结案。被不起诉人应吸取教训，避免再犯。
证据不足不起诉（存疑不起诉）：
- 根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百七十五条第四款，对于二次补充侦查后仍认为证据不足、不符合起诉条件的案件，检察院应作出不起诉决定。因证据不足无法起诉，刑事诉讼程序终止，案件现阶段结案。但需注意，若后续发现新证据且符合起诉条件，检察院可重新提起公诉。
二、特殊情况：并非完全结案
被害人申诉：
- 法律依据：根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百八十条，对于有被害人的案件，决定不起诉的，人民检察院应当将不起诉决定书送达被害人。被害人如果不服，可以自收到决定书后七日以内向上一级人民检察院申诉，请求提起公诉。人民检察院应当将复查决定告知被害人。对人民检察院维持不起诉决定的，被害人可以向人民法院起诉。被害人也可以不经申诉，直接向人民法院起诉。
- 具体解释：若被害人提出申诉或起诉，案件将进入新的审查和审理程序，原不起诉决定可能受到挑战，因此不能简单认为案件已结案。
新证据出现：
- 说明：对于存疑不起诉的案件，若之后发现新证据足以证明犯罪事实且符合起诉条件，检察院可撤销原不起诉决定，重新提起公诉。例如，新发现的监控录像、证人证言等关键证据。
上级检察院指令：
- 说明：上级人民检察院认为下级人民检察院的不起诉决定错误时，可指令下级检察院纠正。下级检察院应执行上级决定，重新审查处理案件，以确保法律适用的统一性和准确性。
三、不起诉决定后的相关处理
- 财物处理：检察院决定不起诉的案件，应同时对侦查中查封、扣押、冻结的财物解除查封、扣押、冻结。若财物与案件无关或属于被害人的合法财产，应予以退还。
- 行政处罚与处分：对被不起诉人需要给予行政处罚、处分或没收违法所得的，检察院应提出检察意见，移送有关主管机关处理，并确保主管机关及时通知处理结果。
总结：综上所述，检察院的不起诉决定在大多数情况下标志着刑事案件在刑事诉讼程序上的结案，但这一决定并非不可逆转。在特定情况下，如被害人申诉、发现新证据或上级检察院指令等，案件仍有可能重新进入司法程序。因此，当事人和相关方应了解并关注这些可能的特殊情况，以维护自身合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。