结论：离职超过两年且劳动合同丢失的情况下，要确定与公司的劳动关系，可以通过收集其他证据来证明劳动关系的存在，如工资支付记录、社保缴纳记录、工作证、考勤记录等。同时，也可以考虑向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向法院提起诉讼来确认劳动关系。

详细分析：

1. 证据收集：

   • 工资支付记录：银行转账记录、工资条等，这些可以证明公司曾向你支付过工资，是劳动关系存在的重要证据。
   • 社保缴纳记录：社保缴纳记录是证明劳动关系存在的直接证据，因为社保缴纳通常与劳动关系紧密相关。
   • 工作证、考勤记录：这些可以证明你曾在公司工作，是公司的一员。
   • 其他证据：如同事的证言、工作邮件、工作照片等，这些也可以作为辅助证据来证明劳动关系的存在。

2. 申请仲裁或提起诉讼：

   • 劳动争议仲裁：如果与公司无法就劳动关系达成一致，可以向当地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁。在仲裁过程中，你需要提供上述收集到的证据来支持你的主张。
   • 提起诉讼：如果对仲裁结果不满意，或者公司拒绝接受仲裁，你可以向法院提起诉讼。在诉讼过程中，同样需要提供充分的证据来证明劳动关系的存在。

3. 注意事项：

   • 时效问题：虽然你离职已经超过两年，但劳动争议的仲裁时效通常为一年，从你知道或者应当知道权利被侵害之日起计算。不过，如果劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬发生争议的，劳动者申请仲裁不受一年仲裁时效期间的限制。但考虑到你离职已超过两年，且问题中未提及拖欠劳动报酬的情况，因此仍需注意时效问题，尽快采取行动。
   • 证据保存：在收集证据的过程中，要确保证据的真实性和完整性。同时，也要注意保存好这些证据，以备不时之需。

建议行动：

• 首先，尝试与公司协商，看是否能够达成一致意见，确认劳动关系的存在。
• 如果协商无果，立即开始收集上述提到的各类证据，以备申请仲裁或提起诉讼之用。
• 在收集证据的过程中，如果遇到困难或不确定如何操作，可以随时向我咨询，我会根据你的具体情况提供进一步的法律建议。

后续思考：

• 在处理此类问题时，除了关注劳动关系的确认外，还需要考虑可能涉及的其他法律问题，如经济补偿、社保补缴等。
• 如果公司存在违法行为，如未签订劳动合同、未缴纳社保等，你还可以考虑向相关部门投诉或举报，以维护自己的合法权益。