您好，关于“公司办证的是否是行政部门”这一问题，这主要取决于具体的办证类型和所在地区的行政管理体系。不过，我可以根据一般情况和您提供的参考信息，给出一个较为全面的解答。

首先，公司设立登记注册等相关的证照办理，通常是由行政审批服务局或类似的行政机构负责的。以临清市为例，公司设立登记注册的服务指南明确指出，该服务由临清市行政审批服务局提供，包括窗口办理、手机申报和快递申请等多种方式。这表明，在公司设立、变更、注销等环节中，涉及到的证照办理，一般是由行政审批服务局这类行政部门来完成的。

其次，对于其他类型的公司办证，如法律职业资格认定、公证员任命等，则可能由不同的行政部门或专业机构负责。例如，法律职业资格认定可能由司法部或其下属机构负责，而公证员的任命则可能由地方司法行政机关或公证协会来处理。这些办证事项通常具有更强的专业性和法律性，因此需要由具备相应专业知识和法律权限的机构来办理。

最后，不同地区的行政管理体系可能存在差异。虽然大多数地区都设有行政审批服务局或类似的机构来负责公司证照的办理，但具体名称、职责和办理流程可能因地区而异。因此，在办理公司证照时，建议您先了解所在地区的具体行政管理体系和办理流程，以便更高效地完成相关手续。

综上所述，公司办证是否由行政部门负责，取决于具体的办证类型和所在地区的行政管理体系。在公司设立登记注册等常规证照办理方面，通常是由行政审批服务局或类似的行政机构来完成的。而对于其他类型的办证事项，则可能需要根据具体情况来确定负责机构。希望这个解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。