公司章程里可以约定股东之间赔偿责任按持股比例来赔偿金额，但需满足一定条件并受到一定限制。以下从不同角度为你详细分析：
法律背景与依据
根据《中华人民共和国公司法》及相关司法解释，公司章程是公司内部的“宪法”，对股东、公司、董事、监事、高级管理人员等具有约束力。公司章程可以自主约定股东之间的权利义务关系，包括但不限于出资方式、利润分配、亏损分担、决策机制等。在赔偿责任方面，虽然法律没有直接规定股东之间必须按何种比例承担赔偿责任，但公司章程作为股东之间的“契约”，可以对此进行约定。
约定有效性的条件
不违反法律法规强制性规定：公司章程中的约定必须遵守国家法律法规的强制性规定，不得损害国家、社会公共利益或第三人合法权益。如果约定违反了这些规定，该条款将被视为无效。
不违背公序良俗：公司章程的约定应当符合社会公德和商业道德，不得违背公序良俗。例如，不能约定股东之间互相免除故意或重大过失造成的赔偿责任。
全体股东一致同意：由于公司章程的修改通常需要全体股东一致同意（除非公司章程另有规定），因此，在约定股东之间赔偿责任按持股比例赔偿时，应当确保所有股东都同意该条款。
实际操作中的注意事项
明确约定条款：在公司章程中，应当明确约定股东之间赔偿责任的具体比例、计算方式、触发条件等，以避免未来产生争议。
考虑公司实际情况：在约定赔偿责任比例时，应当充分考虑公司的实际情况，包括股东的出资比例、贡献程度、风险承受能力等因素，确保约定公平合理。
及时更新公司章程：如果公司股东结构发生变化或公司经营状况发生重大变化，应当及时更新公司章程中的相关条款，以适应新的情况。
可能的法律后果
如果公司章程中约定了股东之间赔偿责任按持股比例赔偿，且该约定符合上述条件，那么在未来发生赔偿责任时，股东应当按照公司章程的约定承担相应的赔偿责任。如果股东违反公司章程的约定，不承担或不完全承担赔偿责任，其他股东可以依据公司章程的约定向其追偿，并可能涉及法律诉讼。
建议：在制定或修改公司章程时，务必咨询专业律师的意见，以确保公司章程的合法性和有效性。如果你有任何关于公司法务、股权、合伙联营或加盟经营等方面的法律问题，都可以直接向我咨询。