废品收购站建厂房是否合法，需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下是从不同角度进行的分析：
一、土地性质与用途
宅基地与农用地：
- 如果废品收购站所占用的土地是宅基地或农用地，且未经合法程序变更为建设用地，那么在此类土地上建厂房是违法的。宅基地主要用于居住用途，农用地则用于农业生产，未经批准擅自改变土地用途，会面临土地管理部门的处罚，包括责令退还土地、拆除建筑物等。
建设用地：
- 如果废品收购站所占用的土地已经是建设用地，且符合当地土地利用总体规划和城乡规划，那么在此类土地上建厂房可能是合法的。但即便如此，也需要办理相关的建设手续，如建设工程规划许可证、施工许可证等。
二、建设手续与审批
规划许可：
- 无论土地性质如何，建设厂房都需要获得当地城乡规划部门的规划许可。未经规划许可擅自建设，属于违法建设行为，会面临规划部门的处罚，包括责令停止建设、限期拆除、罚款等。
施工许可：
- 在获得规划许可后，还需要办理施工许可手续。施工许可手续是确保建设活动符合安全、质量等要求的重要环节。未经施工许可擅自施工，同样会面临相关部门的处罚。
三、环保与安全要求
环保要求：
- 废品收购站作为可能产生环境污染的行业，其建设厂房需要符合环保要求。这包括但不限于废水、废气、噪声等污染物的排放控制，以及固体废物的处理等。如果厂房建设不符合环保要求，可能会面临环保部门的处罚。
安全要求：
- 厂房建设还需要符合安全要求，包括消防安全、建筑结构安全等。如果厂房建设存在安全隐患，可能会面临安全监管部门的处罚，甚至引发安全事故。
四、实际操作建议
咨询当地部门：
- 在决定建设厂房前，建议废品收购站经营者先咨询当地土地管理部门、城乡规划部门、环保部门和安全监管部门等，了解相关政策和要求，确保建设活动的合法性和合规性。
办理相关手续：
- 如果符合建设条件，应按照相关规定办理土地使用、规划许可、施工许可等手续，确保建设活动的顺利进行。
注重环保与安全：
- 在建设过程中，应注重环保和安全要求，采取有效措施控制污染物排放和保障建筑结构安全，避免引发环保和安全事故。
总结来说，废品收购站建厂房的合法性取决于土地性质、用途、建设手续以及环保和安全要求等多个方面。在决定建设前，建议经营者充分了解相关政策和要求，并咨询专业人士的意见，以确保建设活动的合法性和合规性。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。