结论：在宅基地上建厂房，通常是不被允许的，因为宅基地主要用于农村居民住宅建设。若确有需求，必须按照合法程序进行申请和审批。未经批准擅自建设，可能面临法律制裁，包括罚款、拆除违法建筑等。

详细分析：

1. 宅基地的性质与用途：

   • 宅基地是农村集体建设用地的一种，其核心用途是满足农村村民的住宅建设需求，包括住宅及其附属设施。
   • 根据《中华人民共和国土地管理法》等相关法律法规，宅基地的使用目的和性质有明确的限定，不得非法转让或用于非农业建设，尤其是工业生产性质的建筑，如厂房。

2. 在宅基地上建厂房的合法性：

   • 通常情况下，宅基地上擅自建设厂房是违法的，因为这改变了宅基地的原本用途，且往往未经法定审批程序。
   • 厂房作为工业生产用途的建筑，与宅基地的居住用途不符，违反了土地用途管制的规定。

3. 合法建设厂房的情形：

   • 如果在宅基地上建设厂房经过了合法的审批程序，如符合土地利用总体规划、城乡规划，并取得了相关的许可文件（如乡村建设规划许可证），则厂房建设合法，可以继续使用。
   • 但这种情况较为特殊，且需要满足一系列严格的条件，包括获得集体经济组织同意、办理建设用地审批手续、符合环保和规划要求等。

4. 未经合法审批的处理方式：

   • 自行整改：若厂房建设尚未完工且未取得合法审批手续，应主动停止建设，自行拆除已建部分，恢复宅基地原状，以避免更严重的处罚。根据《中华人民共和国行政处罚法》的相关规定，主动消除违法行为危害后果的，可从轻或减轻行政处罚。
   • 接受行政处罚并补办手续：若厂房已建成且符合土地利用总体规划等相关要求，可能通过接受行政处罚（如罚款）后，按规定补办审批手续，使厂房合法化。但需注意，各地可能会根据实际情况进行具体处理和变通。
   • 限期拆除：若厂房建设既未经合法审批，又不符合土地利用总体规划和城乡规划，相关部门将责令限期拆除，逾期不拆除的，可能依法强制拆除，费用由当事人承担。根据《中华人民共和国城乡规划法》的相关规定，未依法取得乡村建设规划许可证或者未按照乡村建设规划许可证的规定进行建设的，由乡、镇人民政府责令停止建设、限期改正；逾期不改正的，可以拆除。

总结与建议： 宅基地上建厂房需谨慎，务必遵守相关法律法规。在进行任何建设活动前，应咨询当地法律专业人士或相关部门，确保行为合法合规。若已有违法建设，应尽快采取措施整改或寻求合法化处理途径，如自行拆除、接受行政处罚并补办手续等，以避免不必要的法律风险和损失。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。