在劳动纠纷中，申请人主张经济赔偿金却可能被裁定补偿金的情况，主要基于以下法律依据和事实认定角度：

1. 法律依据的区分：

   • 经济赔偿金：通常依据《劳动合同法》第八十五条等规定，针对用人单位违法解除或终止劳动合同等情形，要求用人单位按照法定标准（如经济补偿标准的二倍）向劳动者支付赔偿金。其核心在于“违法性”和“惩罚性”。
   • 经济补偿金：则依据《劳动合同法》第四十六条等规定，在合法解除或终止劳动合同、用人单位存在特定违法行为（如未及时足额支付劳动报酬、未依法为劳动者缴纳社会保险费等）但未达到违法解除程度，或劳动合同因客观原因无法继续履行等情形下，由用人单位向劳动者支付的一次性补偿。其核心在于“补偿性”和“合法性”。

2. 事实认定的影响：

   • 违法性认定：若仲裁机构或法院在审理过程中认为，用人单位的行为虽存在不当，但并未达到违法解除或终止劳动合同的程度（如用人单位因经营困难裁员，但未依法履行裁员程序，但尚未构成违法解除），则可能不支持经济赔偿金的请求，而裁定用人单位支付经济补偿金。
   • 劳动者选择：在某些情况下，劳动者可能同时主张经济赔偿金和经济补偿金，但根据法律规定，这两者通常不能同时获得。仲裁机构或法院会根据案件具体情况，结合劳动者的诉求和用人单位的违法行为程度，裁定支付其中一种。若劳动者未能充分证明用人单位的违法性，或仲裁机构/法院认为用人单位的行为不构成违法解除，则可能裁定支付经济补偿金。

3. 具体案例分析：

   • 假设劳动者因用人单位未依法缴纳社会保险费而提出解除劳动合同，并主张经济赔偿金。但仲裁机构或法院在审理过程中发现，用人单位虽存在未依法缴纳社会保险费的行为，但该行为并未直接导致劳动合同无法继续履行，且劳动者在提出解除劳动合同前未给予用人单位合理的补缴期限。在此情况下，仲裁机构或法院可能认为用人单位的行为不构成违法解除，从而裁定用人单位支付经济补偿金而非经济赔偿金。

4. 法律建议：

   • 明确诉求：劳动者在主张权益时，应明确自己的诉求是经济赔偿金还是经济补偿金，并根据诉求准备相应的证据材料。
   • 充分举证：劳动者应充分举证证明用人单位的违法行为及其与劳动合同解除或终止之间的因果关系，以支持自己的诉求。
   • 咨询专业律师：在劳动纠纷中，由于法律条款复杂且案件情况各异，建议劳动者在主张权益前咨询专业律师，以获取更准确的法律意见和诉讼策略。

总结来说，申请人主张经济赔偿金却可能被裁定补偿金的情况，主要取决于用人单位行为的违法性认定、劳动者的诉求选择以及案件的具体事实。在处理此类纠纷时，建议劳动者充分了解相关法律法规，明确自己的诉求，并咨询专业律师以获取更全面的法律支持。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。