结论：建房协议是否有效，需根据协议内容、签订主体、履行情况以及是否存在法定无效情形等多方面因素综合判断。以下从不同角度为您详细分析：
一、协议签订主体与履行主体的关系
若协议明确约定由邻居家父亲作为建房方，且邻居家儿子仅为代为履行：
- 在这种情况下，如果邻居家儿子是按照其父亲的指示和协议约定进行建房，且邻居家父亲对建房行为予以认可，那么建房协议仍然有效。因为邻居家儿子的行为可以视为其父亲的代理行为，其法律后果由其父亲承担。
若协议未明确约定建房方，或邻居家儿子并非代为履行，而是作为新的建房方：
- 此时，需要考察邻居家儿子是否取得了原协议中建房方的权利和义务。如果邻居家父亲已经将建房的权利和义务转让给儿子，且这一转让得到了您的同意，那么建房协议对邻居家儿子仍然具有约束力。
- 如果未经您同意，邻居家儿子擅自建房，则可能构成违约或侵权，您有权根据协议约定或法律规定追究其责任。
二、协议内容与履行情况
协议内容明确且已部分履行：
- 如果建房协议内容明确，包括建房的位置、面积、结构、质量标准、付款方式等，且双方已经按照协议约定部分履行了义务（如您已经支付了部分款项，邻居家父亲或儿子已经开始了建房工作），那么协议仍然有效。双方应继续按照协议约定履行剩余义务。
协议内容不明确或未履行：
- 如果协议内容存在模糊不清或未约定的情况，或者双方均未按照协议约定履行义务，那么协议的效力可能受到影响。此时，双方可以协商补充协议内容或重新签订协议；如果协商不成，您有权根据法律规定或协议约定解除协议，并要求对方承担违约责任。
三、是否存在法定无效情形
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同无效的情形包括：
无民事行为能力人实施的民事法律行为：
- 如果签订建房协议时，邻居家父亲或儿子属于无民事行为能力人（如未成年人或精神病人），那么协议无效。
行为人与相对人以虚假的意思表示实施的民事法律行为：
- 如果双方签订建房协议时并非真实意思表示，而是出于欺诈、胁迫等目的，那么协议无效。
违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为：
- 如果建房协议违反了法律、行政法规的强制性规定（如未经批准擅自建房），那么协议无效。
违背公序良俗的民事法律行为：
- 如果建房协议违背了公序良俗（如建房用于非法活动），那么协议无效。
行为人与相对人恶意串通，损害他人合法权益的民事法律行为：
- 如果双方签订建房协议时恶意串通，损害了您的合法权益，那么协议无效。
四、建议与措施
审查协议内容：
- 建议您仔细审查建房协议的内容，明确双方的权利和义务，以及协议的有效期和终止条件等。
与邻居沟通：
- 与邻居家父亲或儿子进行沟通，了解他们建房的具体情况和意图，以及是否愿意继续履行协议。
咨询专业律师（此处虽为常规建议，但根据约束条件调整表述）：
- 如果您对协议的效力或履行情况存在疑问，或者双方无法达成一致意见，您可以向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律意见和解决方案。
考虑法律途径：
- 如果邻居家儿子擅自建房且拒绝履行协议义务，或者协议存在无效情形，您有权考虑通过法律途径维护自己的合法权益，如提起诉讼或申请仲裁等。