机构是允许持有立案上市公司股份的，但具体情形需根据相关法律法规及案件性质来判断。以下从不同角度为您详细分析：

1. 一般情况下的合法性：

   • 在一般情况下，机构作为法人实体，有权根据市场规则和法律法规购买并持有上市公司的股份。这包括但不限于投资公司、基金公司、保险公司等各类金融机构，以及非金融类的企业法人。

2. 涉及立案调查时的特殊情况：

   • 当上市公司或其相关方因涉嫌违法违规行为被立案调查时，机构持有其股份的合法性可能受到一定影响，但这并不直接导致机构持有股份的行为本身违法。
   • 关键在于机构在购买和持有股份过程中是否遵守了相关法律法规，如是否进行了充分的信息披露、是否存在内幕交易或操纵市场等违法行为。
   • 如果机构在立案调查期间被证实存在违法行为，其持有股份的行为可能受到监管机构的处罚，但这并不改变机构原本持有股份的合法性基础。

3. 法律法规的约束：

   • 机构在持有上市公司股份时，需遵守《证券法》、《公司法》等相关法律法规的规定。例如，需按照规定进行信息披露，不得进行内幕交易或操纵市场等违法行为。
   • 如果机构违反了相关法律法规，将可能面临监管机构的处罚，包括但不限于罚款、没收违法所得、限制业务活动等。

4. 实际案例与操作建议：

   • 在实际操作中，机构在购买和持有上市公司股份前，应进行充分的尽职调查，了解上市公司的经营状况、财务状况及法律风险等。
   • 如果上市公司或其相关方已被立案调查，机构应谨慎评估风险，并考虑是否继续持有或增持股份。
   • 在任何情况下，机构都应确保其行为符合相关法律法规的规定，以避免法律风险和监管处罚。

总结与建议：

• 机构在一般情况下是允许持有立案上市公司股份的，但需遵守相关法律法规的规定。
• 如果上市公司或其相关方已被立案调查，机构应谨慎评估风险，并考虑是否继续持有或增持股份。
• 在任何情况下，机构都应确保其行为合法合规，以避免法律风险和监管处罚。如果您在机构持有上市公司股份方面遇到任何法律问题或疑虑，可以直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律意见。