结论：在有三方代付协议的情况下，每次付款是否还需要甲方签字，这主要取决于三方代付协议的具体内容以及相关法律法规的规定。以下从不同角度进行分析：

1. 三方代付协议的具体内容：

   • 明确约定无需签字：如果三方代付协议中明确约定，在满足一定条件（如提供有效的付款指令、确认收款方信息无误等）后，付款方（可能是乙方或第三方）可以直接进行付款，而无需甲方再次签字确认，那么在这种情况下，每次付款就不需要甲方签字。
   • 未明确约定或约定需签字：如果三方代付协议中没有明确约定付款是否需要甲方签字，或者明确约定每次付款都需要甲方签字确认，那么在这种情况下，每次付款就需要甲方签字。这是为了确保付款的合法性和准确性，防止因付款错误而引发的纠纷。

2. 相关法律法规的规定：

   • 合同法的相关规定：根据《中华人民共和国民法典》（原《中华人民共和国合同法》）的相关规定，合同是双方意思表示一致的协议，对双方具有法律约束力。如果三方代付协议是合法有效的，那么协议中的条款就应当被遵守。因此，如果协议中规定了付款需要甲方签字，那么就必须遵守这一规定。
   • 支付结算的相关规定：在支付结算领域，也有相关的法律法规对付款行为进行规范。例如，对于大额付款或特定类型的付款，可能要求提供额外的确认手续（如签字、盖章等）以确保付款的安全性。然而，这些规定通常不会直接规定三方代付协议中的签字要求，而是会作为一般性的支付结算规则存在。因此，在判断每次付款是否需要甲方签字时，还需要结合三方代付协议的具体内容以及支付结算的实际情况进行综合考虑。

3. 实际操作中的建议：

   • 明确协议条款：为了避免因付款签字问题而引发的纠纷，建议在签订三方代付协议时，就明确约定每次付款是否需要甲方签字确认。这样可以在协议履行过程中减少不必要的争议和误解。
   • 保留付款证据：无论协议中是否规定需要甲方签字，付款方都应当保留好付款的相关证据（如付款指令、转账记录、收款确认等）。这些证据可以在发生纠纷时作为证明付款合法性和准确性的重要依据。
   • 及时沟通协商：如果在协议履行过程中出现了关于付款签字问题的争议或误解，双方应当及时沟通协商，寻求解决方案。通过友好协商，可以避免因争议升级而引发的法律纠纷和损失。

总结与进一步思考：在有三方代付协议的情况下，每次付款是否需要甲方签字取决于协议的具体内容以及相关法律法规的规定。为了避免纠纷和误解，建议在签订协议时明确约定相关条款，并在协议履行过程中保留好付款证据和及时沟通协商。如果你在处理具体案件时遇到相关问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的法律建议。