在民事二审判决后才发现被告在二审期间已死亡，这种情况下，一般需通过审判监督程序（再审）来纠正原判决，并视情况终结诉讼或变更诉讼主体。具体分析如下：

1. 启动审判监督程序（再审）
   根据《民事诉讼法》第207条及《民事诉讼法司法解释》第55条，若二审期间被告死亡，法院未依法中止诉讼或变更诉讼主体，而是直接作出判决，属于“违反法定程序”的情形。此时，当事人可向法院申请再审，或由法院依职权启动再审程序，以撤销原判决并重新审理。

2. 再审中的处理方式

   • 若被告无遗产且无义务承担人：法院应裁定终结诉讼。例如，被告死亡后无遗产可供执行，且无应当承担义务的人（如继承人），则诉讼失去继续进行的必要。
     
   • 若被告有遗产或有义务承担人：法院应变更诉讼主体，将被告的继承人或其他义务承担人列为当事人，继续审理案件。例如，被告死亡后留有遗产，且案件判决涉及遗产处置，则需由继承人参与诉讼以明确权利义务。

3. 实务建议

   • 及时申请再审：发现被告死亡后，应尽快向法院提交再审申请，并附上死亡证明、继承关系证明等材料，避免超过6个月的再审申请期限。
     
   • 关注执行程序：若原判决已进入执行阶段，需向执行法院说明情况，申请中止执行或变更被执行人，防止错误执行导致损失。
     
   • 协商解决：在再审或执行过程中，可与被告继承人协商，通过调解或和解方式快速解决纠纷，降低诉讼成本。

总结：被告在二审期间死亡未被依法处理，需通过再审程序纠正。再审中，法院会根据被告遗产及义务承担情况，决定终结诉讼或变更主体继续审理。建议尽快启动再审并关注执行程序，必要时可协商解决。如有进一步疑问，可直接向我咨询。