被执行人愿意以物抵债，在大多数情况下是需要通过法院的，但具体是否必须通过法院，取决于双方协商的情况和执行程序的要求。以下从不同角度为你详细分析：
一、双方自愿协商以物抵债
如果申请执行人和被执行人双方自愿协商并达成以物抵债协议，这本质上属于当事人对自身民事权利的处分，类似于普通的民事交易。在这种情况下，虽然双方已经达成协议，但为了确保协议的合法性和有效性，以及保护其他债权人的利益，通常还是需要通过法院进行确认和审查。法院会对该协议进行审查，确保其内容不违反法律、行政法规的强制性规定，且不损害国家利益、社会公共利益和他人合法权益。一旦协议被法院准许，便具有法律效力，双方需按协议履行。
二、法院强制执行中的以物抵债
在执行程序中，如果被执行人的财产经过拍卖、变卖流拍后，为了提高执行效率，避免司法资源的浪费，并尽快实现申请执行人的债权，法院有权根据申请执行人的申请，将该财产作价交申请执行人抵偿债务，这种情况下无需被执行人再次明确同意以物抵债。具体来说：
相关法律依据：根据《最高人民法院关于人民法院民事执行中拍卖、变卖财产的规定》，对于拍卖流拍的不动产或其他财产权，人民法院可以将其作价交申请执行人或其他执行债权人抵债。若申请执行人或其他执行债权人拒绝接受或依法不能交付其抵债，且经过多次拍卖仍无人买受，法院可以采取其他执行措施。
法理基础：强制执行程序的核心目的在于实现债权人的合法债权。当财产经法定程序无法变现时，法律赋予法院强制以物抵债的权力，以确保执行程序的顺利进行和债权的有效实现。
三、实际操作中的建议
协商优先：如果被执行人愿意以物抵债，且申请执行人也同意，双方应尽量通过协商达成一致，并签订书面协议。随后，可以向法院申请确认该协议的效力，以确保协议的合法性和有效性。
了解执行程序：如果双方无法协商一致，或者被执行人拒绝履行债务，申请执行人可以向法院申请强制执行。在执行过程中，如果财产流拍，法院可能会根据申请执行人的申请进行以物抵债。
保护自身权益：无论是协商还是强制执行，当事人都应充分了解相关法律法规和程序要求，并在必要时寻求专业法律帮助，以确保自身权益得到妥善保护。
总结来说，被执行人愿意以物抵债时，是否需要通过法院取决于双方协商的情况和执行程序的要求。在双方自愿协商的情况下，虽然达成协议，但通常仍需通过法院确认；而在法院强制执行的情况下，则无需被执行人再次明确同意。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的帮助，请直接向我咨询。