改制后的股份制企业是否还有上级主管部门，这主要取决于企业改制的具体形式和背景。以下从不同角度进行分析：
完全市场化改制的股份制企业：
- 在这类企业中，如果改制过程彻底，企业已经完全脱离了原有的行政隶属关系，成为自主经营、自负盈亏的市场主体，那么通常这类企业不再设有上级主管部门。它们的运营和管理主要依据公司章程、股东会决议以及相关法律法规进行。
保留部分国有成分或受特定政策影响的股份制企业：
- 对于某些改制后仍保留部分国有成分，或者受到特定政策、行业监管影响的股份制企业，它们可能仍然存在某种形式的上级主管部门或监管机构。这些主管部门或监管机构可能负责监督企业的运营、确保企业遵守相关政策或法规，但并不直接干预企业的日常经营管理。例如，某些国有企业改制为股份制企业后，国资委可能作为其上级主管部门，负责监管国有资产的保值增值。
特殊行业或领域的股份制企业：
- 在一些特殊行业或领域，如金融、能源、交通等，股份制企业可能受到更为严格的监管。这些企业可能不仅需要遵守一般的市场规则，还需要遵守特定行业或领域的监管要求。在这种情况下，企业可能设有专门的监管机构或上级主管部门，以确保其运营符合行业规范和政策要求。
法律背景与建议：
- 从法律角度来看，股份制企业的组织结构和运营方式主要受到《公司法》等法律法规的规范。这些法律法规明确了股份制企业的基本制度、股东权利、公司治理结构等关键要素。
- 对于改制后的股份制企业是否设有上级主管部门的问题，建议企业首先查阅其公司章程和相关法律法规，以明确企业的组织结构和运营方式。同时，企业也可以咨询当地工商行政管理部门或相关监管机构，以获取更具体的信息和指导。
可能后果：
- 如果企业错误地认为没有上级主管部门而忽视了相关监管要求，可能会面临法律风险和监管处罚。因此，企业应当充分了解自身的法律地位和监管要求，确保合规运营。
综上所述，改制后的股份制企业是否还有上级主管部门并没有一个固定的答案，而是取决于企业改制的具体形式和背景。如有具体疑问或需要进一步的法律指导，请直接向我咨询。