核心结论：在协议书中明确乙方单位名称变化后的债权债务情况，关键在于通过条款设计确保债权债务的连续性、明确变更后的责任主体，并设置必要的保障措施。以下是具体处理方式及条款设计建议：

1. 明确单位名称变更的事实及法律后果

在协议书中增加专门条款，说明乙方单位名称变更的具体情况（如原名称、现名称、变更时间、变更依据等），并明确“单位名称变更不影响乙方作为合同主体的法律地位，原债权债务关系由变更后的主体承继”。
示例条款：
“乙方于【变更日期】经【工商登记机关】核准，将单位名称由‘【原名称】’变更为‘【现名称】’。双方确认，本次名称变更仅涉及主体称谓变化，不改变乙方在原协议项下的权利义务关系，原协议项下乙方的全部债权债务由变更后的‘【现名称】’承继。”

2. 明确债权债务的承继范围

需详细列明承继的债权债务范围，避免因表述模糊产生争议。可分两类处理：

• 若债权债务范围明确：直接列举具体内容（如“原协议项下乙方对甲方的【具体债权金额】债权、对【第三方】的【具体债务金额】债务，均由变更后的乙方承继”）。
  
• 若范围较广或难以列举：采用概括性表述（如“原协议项下乙方享有的所有债权及承担的所有债务，均由变更后的乙方承继”），但需注意结合协议整体内容确保无歧义。

3. 设置变更后的责任主体保障条款

为防止乙方借名称变更逃避债务，可要求变更后的主体提供担保或承诺，例如：

• 连带责任承诺：变更后的乙方承诺对原债务承担连带清偿责任。
  
• 资产转移限制：约定在债务未清偿前，乙方不得通过分立、合并、转让资产等方式损害甲方权益。
  
• 通知义务：要求乙方在名称变更后及时通知相关债权人（如甲方、第三方合作方），并配合办理债权债务转移的登记、备案手续。
  

示例条款：
“变更后的乙方承诺，对原协议项下乙方的全部债务承担连带清偿责任，且在债务未完全清偿前，未经甲方书面同意，不得以分立、合并、转让资产等方式转移债务履行能力。乙方应自名称变更之日起【X】日内，将变更情况通知所有相关债权人，并配合办理债权债务转移的法定手续。”

4. 协议生效与变更登记

明确协议书的生效条件及变更登记要求，确保条款具有可执行性：

• 生效条件：可约定“本补充协议自双方签字（盖章）之日起生效，与原协议具有同等法律效力”。
  
• 变更登记：若涉及需要登记的债权债务（如抵押权、应收账款质押等），需约定“乙方应自名称变更之日起【X】日内，与甲方共同办理相关登记变更手续，费用由乙方承担”。

5. 争议解决条款

为应对可能因名称变更引发的纠纷，建议在协议书中补充争议解决方式，例如：
“因本协议引起的或与本协议有关的任何争议，双方应首先协商解决；协商不成的，任何一方均有权向甲方所在地人民法院提起诉讼。”

总结：通过上述条款设计，可确保乙方单位名称变更后，债权债务关系清晰、责任主体明确，最大限度降低甲方风险。若涉及复杂交易或大额债权债务，建议进一步结合具体场景细化条款，必要时可委托律师起草或审核协议。如有其他疑问，欢迎随时向我咨询。