协议书中乙方出现两个名称时，建议采用以下方式处理，以确保协议的严谨性和法律效力：

1. 明确主体关系
   若两个名称指向同一主体（如公司全称与简称、曾用名与现用名），需在协议首部或乙方信息处注明关联性。例如：

   “乙方：XX科技有限公司（以下简称‘XX公司’）”
   或
   “乙方：XX公司（曾用名：YY公司，2023年更名）”
   作用：避免因名称不一致导致主体身份争议，明确合同权利义务的承担方。

2. 区分独立主体
   若两个名称代表不同主体（如母公司与子公司、联合签约方），需分别列明信息并明确责任划分。例如：

   “乙方1：XX公司（统一社会信用代码：XXX）
   乙方2：YY公司（统一社会信用代码：YYY）
   双方共同作为本协议乙方，就XX事项承担连带责任/按份责任（根据实际约定填写）”
   作用：防止责任混淆，确保各方权利义务清晰可执行。

3. 法律条款配套
   在协议中增加“主体确认”条款，例如：

   “乙方确认，本协议中使用的‘XX公司’‘YY公司’名称均指向同一法律主体/分别指向独立法律主体（根据实际情况选择），各方应按约定履行义务。”
   作用：通过条款固定主体身份，降低后续履行或纠纷中的解释成本。

风险提示：

• 名称错误或主体不明可能导致协议无效或部分条款无法执行。
  
• 若涉及公司更名，需附上工商变更证明作为协议附件。
  
• 联合签约时，务必明确各方的权利义务边界，避免责任推诿。

建议：

• 起草协议前，核实乙方主体资格（如营业执照、授权文件）。
  
• 名称使用保持全文一致，避免混用简称与全称。
  
• 如有疑问，可提供协议草稿或具体场景，我将进一步协助完善。