针对您提出的“农村机动三轮车被查了没有农机证会罚多少钱，以及三轮车是否会被交警没收”的问题，以下是我根据相关法律法规和实际情况，为您提供的详细解答：
一、关于罚款金额
无证驾驶罚款：
- 如果您的机动三轮车被认定为机动车，并且您没有取得相应的机动车驾驶证（包括农机证，若该三轮车需农机证驾驶），那么根据《中华人民共和国道路交通安全法》的相关规定，您将面临200元以上2000元以下的罚款。
无牌驾驶罚款：
- 如果您的三轮车未依法登记上牌就上路行驶，还将面临20元以上200元以下的罚款。
二、关于车辆是否会被没收
一般情况：
- 通常情况下，交警在查处无证驾驶或无牌驾驶等违法行为时，会先对驾驶人进行罚款，并要求其配合完成相关手续（如补办驾驶证、上牌等）。在驾驶人配合并完成相关手续后，车辆一般会被返还。
特殊情况：
- 如果您的三轮车存在严重违法行为，如非法改装、加装，或者属于拼装车、报废车等，那么根据相关法律法规，交警有权对车辆进行扣留，并可能进一步采取强制没收等措施。
- 另外，如果驾驶人拒绝接受处罚或逃避处罚，交警也有权对车辆进行扣留，并依法处理。
三、建议与注意事项
及时补办证件：
- 如果您确实需要驾驶机动三轮车，建议尽快补办相应的驾驶证和上牌手续，以确保车辆合法合规上路行驶。
遵守交通法规：
- 无论是否持有驾驶证，都应严格遵守交通法规，确保行车安全。无证驾驶或无牌驾驶不仅可能面临罚款和车辆扣留等处罚，还可能对自身和他人的安全造成严重威胁。
配合交警执法：
- 在接受交警查处时，应积极配合交警的执法工作，如实提供相关信息和证件。拒绝接受处罚或逃避处罚只会加重处罚力度，并可能引发更严重的法律后果。
综上所述，农村机动三轮车被查没有农机证（若需）将面临200元以上2000元以下的罚款，以及可能的20元以上200元以下的无牌驾驶罚款。车辆是否会被没收则取决于具体情况和违法行为的严重程度。建议您尽快补办相关证件，并严格遵守交通法规，以确保行车安全。