无证人员驾驶有牌农用三轮车被查，车辆一般会被依法扣留，后续处理需根据具体情况确定，可能涉及罚款、车辆返还等。具体分析如下：

1. 车辆扣留：

   • 根据《中华人民共和国道路交通安全法》的相关规定，无证驾驶是违法行为，交通管理部门有权对违法车辆进行扣留。
   • 扣留车辆的目的在于确保交通秩序，防止无证驾驶者继续违法上路，同时也是为了后续调查和处理提供便利。

2. 罚款处理：

   • 无证驾驶者将面临罚款的处罚，具体罚款金额根据地区和具体违法情节而定。
   • 罚款是对无证驾驶行为的直接经济制裁，旨在通过经济手段遏制违法行为。

3. 车辆返还条件：

   • 在无证驾驶者接受处罚并满足相关条件后，交通管理部门会返还被扣留的车辆。
   • 返还条件通常包括：缴纳罚款、提供有效驾驶证（如后续取得）、车辆年检合格等。

4. 特殊情况处理：

   • 如果无证驾驶者无法提供车辆合法来源证明或车辆存在其他违法问题（如盗抢、套牌等），车辆可能不会被直接返还，而是需要进一步调查处理。
   • 在这种情况下，车辆可能被依法没收或进行其他处理，具体取决于违法情节的严重程度和法律规定。

行动建议：

• 如果您是无证驾驶者，应尽快接受交通管理部门的处罚，并努力取得有效驾驶证，以便合法驾驶车辆。
• 如果您是车辆所有人，应确保车辆合法来源，并督促驾驶者遵守交通法规，避免类似违法行为再次发生。
• 在处理过程中，如有任何疑问或需要法律帮助，可直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。