三方协议中的工资通常不是由学校支付，而是由与毕业生签订就业协议的用人单位支付。以下是对这一问题的详细解释：

一、三方协议的基本性质

三方协议，即《全国普通高等学校毕业生就业协议书》，是明确毕业生、用人单位和学校三方在毕业生就业工作中的权利和义务的书面表现形式。它主要解决的是毕业生与用人单位之间关于就业的意向问题，以及学校在就业过程中的推荐、派遣等事宜，并不直接涉及工资支付的具体细节。

二、工资支付的责任主体

1. 用人单位的责任：根据三方协议的基本性质和目的，工资支付的责任主体通常是用人单位。用人单位在与毕业生签订就业协议后，有义务按照协议约定的工资标准和支付方式，按时足额支付毕业生的工资。

2. 学校的角色：学校在三方协议中主要扮演的是推荐和派遣的角色，负责将毕业生的相关信息提供给用人单位，并协助办理就业手续。学校并不直接参与工资支付的过程，也不承担工资支付的责任。

三、特殊情况下的工资支付

虽然三方协议中的工资通常由用人单位支付，但在某些特殊情况下，也可能存在其他支付方式或责任主体。例如：

1. 实习期间的工资：如果毕业生在签订三方协议后，先进入用人单位进行实习，那么实习期间的工资支付可能按照实习协议或相关法律法规执行。在某些情况下，学校或政府可能提供一定的实习补贴或资助，但这并不改变用人单位作为工资支付主要责任主体的地位。

2. 特殊项目或合作：如果毕业生参与的是学校与用人单位合作的特殊项目或计划，且该项目或计划有明确的资金来源和支付方式，那么工资支付可能按照项目协议或合作计划执行。但即便如此，用人单位通常仍然是工资支付的主要责任主体，学校可能只是作为项目的管理方或协调方。

四、法律建议

1. 仔细阅读协议：毕业生在签订三方协议前，应仔细阅读协议条款，特别是关于工资支付、福利待遇等方面的内容，确保自己的权益得到充分保障。

2. 咨询专业人士：如果毕业生对协议条款或工资支付问题存在疑问或担忧，可以咨询学校就业指导中心或专业律师的意见，以便更好地了解自己的权益和义务。

3. 保留相关证据：毕业生在就业过程中应保留好与用人单位签订的协议、工资条、银行转账记录等相关证据，以便在发生纠纷时能够维护自己的合法权益。

如果您在三方协议或工资支付方面遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。