结论：农村土地使用权证未下发，法院仍可依据相关证据和法律规定对土地使用权是否合法进行确认。
分析说明：
土地使用权确认的法律依据：
- 根据《中华人民共和国土地管理法》及相关司法解释，土地使用权的确认并不完全依赖于土地使用权证的发放。土地使用权证是土地使用权的一种法律凭证，但并非唯一凭证。在土地使用权证未下发的情况下，法院可以依据其他证据，如土地承包合同、土地流转协议、政府批文、土地使用现状等，来确认土地使用权的归属和合法性。
法院确认土地使用权的程序：
- 在土地使用权争议案件中，法院会首先审查双方提供的证据，包括书面证据、证人证言、现场勘查记录等。
- 法院会根据证据的充分性、真实性和合法性，结合相关法律法规，对土地使用权的归属和合法性进行判断。
- 如果土地使用权证未下发，但其他证据足以证明土地使用权的归属和合法性，法院可以依法作出确认判决。
土地使用权证未下发的影响：
- 土地使用权证未下发可能会增加土地使用权确认的难度，因为缺乏直接的官方凭证。
- 但这并不意味着法院无法确认土地使用权。在证据充分的情况下，法院仍然可以依据其他证据和法律规定作出判决。
- 如果土地使用权证未下发是由于政府部门的延误或错误导致的，当事人还可以通过行政诉讼等途径寻求救济。
法律建议：
- 如果您面临农村土地使用权争议，且土地使用权证尚未下发，建议您积极收集相关证据，如土地承包合同、土地流转协议、政府批文等，以证明您的土地使用权。
- 在诉讼过程中，您可以向法院提供这些证据，并请求法院依法确认您的土地使用权。
- 如果土地使用权证未下发是由于政府部门的延误或错误导致的，您还可以考虑通过行政诉讼等途径寻求救济，要求政府部门尽快发放土地使用权证或纠正错误。
可能后果：
- 如果法院确认您的土地使用权合法，您将获得法律上的保护，有权继续使用和处置该土地。
- 如果法院确认您的土地使用权不合法，您可能需要停止使用该土地，并可能面临土地被收回或赔偿等法律后果。因此，在诉讼前，建议您充分评估证据和法律风险，谨慎决策。
如有任何进一步疑问或需要法律帮助，请直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议。