结论：在轻伤二级的刑事案件中，即使获得受害人的谅解，检察院是否作出不起诉决定并非绝对，且不起诉是否会留下案底也取决于具体的不起诉类型。
一、检察院不起诉的情况及法律依据
酌定不起诉：
- 根据《刑事诉讼法》的相关规定，对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定。
- 在轻伤二级案件中，如果犯罪嫌疑人一贯表现良好，犯罪行为动机不恶劣，手段不残忍，且真诚悔罪，通过赔偿损失、赔礼道歉等方式获得被害人谅解，检察机关可能会考虑其社会危害程度较小，作出不予起诉的决定。但这种情况下，虽然未被起诉到法院定罪量刑，但实际上已认定行为构成犯罪，只是不予起诉，可能会留下违法犯罪记录，但不等同于正式的犯罪记录。
法定不起诉：
- 根据《刑事诉讼法》第十六条，若案件存在情节显著轻微、危害不大等六种情形之一，检察院应作出法定不起诉决定。
- 在这种情况下，由于最终没有认定犯罪嫌疑人构成犯罪，因此不会留下案底。
证据不足不起诉：
- 根据《刑事诉讼法》的相关规定，若二次补充侦查后证据仍不足，检察院应作出证据不足不起诉的决定。
- 由于没有足够证据证明犯罪嫌疑人构成犯罪，根据疑罪从无的原则，这种情况也不会留下案底。
二、不起诉决定与案底的关系
- 案底的定义：通常所说的“案底”，指的是一个人因犯罪被法院判处刑罚后，在公安机关留下的正式犯罪记录。这个记录对个人的社会信用、就业等方面会产生显著影响。
- 不起诉决定的法律后果：
- 法定不起诉和证据不足不起诉：由于最终没有认定犯罪嫌疑人构成犯罪，因此不会留下案底。
- 酌定不起诉：虽然未被起诉到法院定罪量刑，但实际上已认定行为构成犯罪，只是不予起诉。实务中对此是否算有案底存在争议，主流观点认为会留下违法犯罪记录，但这并不等同于正式的犯罪记录。这些记录在特定背景调查（如参军、考公务员等政审）中可能会被查询到并作为考量因素。
三、法律建议
- 积极配合调查：犯罪嫌疑人应积极配合司法机关的调查，如实陈述事实，不得隐瞒或歪曲。
- 真诚悔罪：通过实际行动表现出真诚的悔罪态度，如积极赔偿被害人的损失、赔礼道歉等。
- 寻求和解：在可能的情况下，与被害人达成和解协议，以争取从轻或免于刑事处罚的机会。
- 了解法律后果：即使获得谅解并有可能免于起诉，也应了解可能面临的其他法律后果，如行政处罚、民事赔偿等。
四、特殊情况说明
- 如果犯罪嫌疑人在五年以内曾经故意犯罪，根据《刑事诉讼法》的相关规定，不适用和解程序，这可能会影响检察院的不起诉决定。
- 不起诉决定书是案件处理结果的正式确认，但它本身不是犯罪记录。符合条件的公民可向公安机关申请无犯罪记录证明。
综上所述，轻伤二级取得谅解书后检察院是否起诉以及是否会留下案底，取决于多种因素的综合评估。如果你或你身边的人遇到类似情况，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供详细的法律建议。