子女在注册公司时，未经父母同意将其设为股东，这一行为在法律上需要分情况讨论：

1. 若子女为未成年人：

   • 法律资格：根据《中华人民共和国公司法》及相关法律规定，并未明确禁止未成年人成为公司股东。未成年人可以通过继承、接受赠与或由其法定代理人（如父母）代为出资等方式成为公司股东。
   • 法定代理：由于未成年人属于限制民事行为能力人或无民事行为能力人，其成为股东及行使股东权利需由法定代理人代为进行。这意味着，如果子女是未成年人，且父母作为其法定代理人未同意或未参与相关出资行为，那么子女单独将其设为股东的行为在法律上可能存在瑕疵，因为未成年人无法独立实施民事法律行为。
   • 实际操作：在实际操作中，如果未成年人要成为公司股东，通常需要由其法定代理人代为签署相关文件、办理工商登记等手续。若未经法定代理人同意或参与，相关手续可能无法完成，或即使完成也可能面临法律上的挑战。

2. 若子女为成年人：

   • 完全民事行为能力：成年人具有完全民事行为能力，可以独立实施民事法律行为，包括成为公司股东。因此，如果子女已经是成年人，他们有权自主决定是否成为公司股东，无需父母同意。
   • 自主决策：在这种情况下，子女可以自行签署相关文件、办理工商登记等手续，将其设为公司股东。父母作为成年人子女的法定代理人身份已经终止，不再对子女的民事法律行为享有代理权。

法律建议与风险提示：

• 对于未成年人成为股东的情况：如果父母希望子女成为公司股东，应确保相关出资行为由法定代理人代为进行，并签署相关文件、办理工商登记等手续。同时，父母应切实履行监护职责，保护未成年人的合法权益，避免其股东权利受到侵害。
• 对于成年人成为股东的情况：如果子女已经是成年人，他们有权自主决定是否成为公司股东。但在此过程中，子女应充分了解成为股东的法律后果和风险，包括可能承担的责任和义务等。
• 风险提示：无论子女是未成年人还是成年人，成为公司股东都意味着需要承担一定的责任和风险。如果公司经营不善导致破产清算，股东的投资可能会遭受损失。因此，在决定成为公司股东之前，应充分了解公司的经营状况和财务状况，并谨慎评估风险。

总结：子女在注册公司时未经父母同意将其设为股东的行为是否合法，取决于子女的年龄和民事行为能力。如果子女是未成年人，通常需要由其法定代理人代为进行相关出资行为；如果子女已经是成年人，则有权自主决定是否成为公司股东。在任何情况下，都应充分了解相关法律后果和风险，并谨慎做出决策。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。